| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP006881 | 1,669,467 | C→T | 13.0% | R204* (CGA→TGA) | U712_08600 → | Flagellar biosynthetic protein fliR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 1,669,467 | 0 | C | T | 13.0% | 1269.6 / 113.0 | 400 | R204* (CGA→TGA) | U712_08600 | Flagellar biosynthetic protein fliR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (177/170); new base T (31/21); total (209/191) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 405 total aligned reads displayed.
TTGATCAGGCATTTCCGAATTTCGGCGATGAAAAGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGTTTTCAGTTTAACGATTGAAACGATGCGGAATCTTTTA > CP006881/1669318‑1669616 | cAGGCATTTCCGAATTTCGGCGATGAAAAGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACt > 2:4703884/1‑150 (MQ=255) aTTTCCGAATTTCGGCGATGAAAAGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTcc > 1:5723536/1‑150 (MQ=255) aTTTCCGAATTTCGGCGATGAAAAGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGCCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTcc < 2:1015255/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |