Predicted mutation | ||||||
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RA | CP006881 | 30,182 | C→T | intergenic (+147/‑96) | U712_00120 → / → U712_20865 | Sigma‑K factor‑processing regulatory protein BofA/16S ribosomal RNA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006881 | 30,182 | 0 | C | T | 96.2% | 728.2 / ‑5.2 | 235 | intergenic (+147/‑96) | U712_00120/U712_20865 | Sigma‑K factor‑processing regulatory protein BofA/16S ribosomal RNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (115/110); minor base G (9/0); total (125/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.80e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
ATTGATATTATGTATTGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGCGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCT > CP006881/30035‑30328 | tattatGTATTGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAAc < 2:1189471/150‑1 (MQ=255) ttatGTATTGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGGAAATGTTATGATAATAAAGGCGCTTAAACAGGTGGTAAACaa > 2:2093516/1‑150 (MQ=255) atGTATTGCCTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAg < 2:2036906/150‑1 (MQ=255) atGTATTGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAGGTCGCCTAAACGAGTGGTAAACAAAg > 2:728889/1‑150 (MQ=255) tGTATTGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGt < 2:1802981/150‑1 (MQ=255) tGTATTGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGGCGCCTAAACGGGTGGTAAAAAAAgg > 1:2433441/1‑149 (MQ=255) gACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTg < 1:3942587/150‑1 (MQ=255) cTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGGAAATGTTATGGTAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTgga > 1:3049485/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |