Predicted mutation | ||||||
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RA | CP006881 | 3,724,542 | A→G | S95S (TCT→TCC) | U712_19200 ← | SacPA operon antiterminator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP006881 | 3,724,542 | 0 | A | G | 99.1% | 812.3 / NA | 216 | S95S (TCT→TCC) | U712_19200 | SacPA operon antiterminator |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
GACACGCCCAATGTCTCTTTTACATGTCCGATCGCCCACAGGCCGATCTCGTATTCTTTTTTATAGAGCGCTTTTATCTCATGCAGCAATTTATTCTGCACAAGCAGCCCATTTTGAATCCTTTCGATCGCAAAGGACAAATGGTCAGAAAGCGCGATATGAATGTGATCGCTCAGCGGCGCCGCGAGCTCCCCTTCCGCATAGCTGATGATATCCTCAGCTATTTCAATATGCTCCTCCGGCAGTGTTTGCAGGATTTGTTTAAACTTTTCATTCTCGTCGTGCACGACAAA > CP006881/3724396‑3724688 | acGCCCAATGTCTCTTTTACATGTCCGATCGCCCACAGGCCGATCTCATATTCTTTTTTATAGAGCGCCTTTATCTCATGCAGCAATTTATTCTGCACAAGCAGCCCACTTTGAATCCTTTCGATCGCAAAGGGCAAATGGTCGGAAAgc > 1:2191100/1‑150 (MQ=255) cGCCCAATGTCTCTTTTACATGTCCGATCGCCCACAGGCCGATCTCATATTCTTTTTTATAGAGCGCCTTTATCTCATGCAGCAATTTATTCTGCACAAGCAGCCCATTTTGAATCCTTTCGGTCGCAAAGGACAAATGGTCGGAAAgcg > 1:1663297/1‑150 (MQ=255) gCCCAATGTCTCTTTTACATGTCCGATCGCCCACAGGCCGATCTCATATTCTTTTTTATAGAGCGCCTTTATCTCATGCAGCAATTTATTCTGCACAAGCAGCCCATTTTGAATCCTTTCGATCGCAAAGGACAAATGGTCGGAAAgcgc > 2:268371/1‑150 (MQ=255) 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gATCGCAAAGGACAAATGGTCGGAAAGCGCGATATGAATGTGATCGCTCAGCGGCGCCGCGGGCTCTCCTTCCGCATAGCTGATGATATCCTCAGCTATTTCTATATGCTCCTCCGGCAGTGTTTGCAGGGTTTGTTTGAACTTTTCAtt > 2:2657129/1‑150 (MQ=255) ccGCAAAGGACAAATGGTCGGAAAGCGCGATATGAATGTGATCGCTCAGCGGCGCCGCGAGCTCTCCTTCCGCATAGCTGATGATATCCTCAGCTATTTCTATATGCTCCTCCGGCAGTGTTTGCAGGATTTGTTTGAACTTTTCATtct < 2:3352630/149‑1 (MQ=255) cGCAAAGGACAAATGGTCGGAAAGCGCGATATGAATGTGATCGCTCAGCGGCGCCGCGAGCTCTCCTTCCGCATAGCTGATGATATCCTCAGCTATTTCTATATGCTCCTCCGGCAGTGTTTGCAGGATTTGTTTGGACTTTTCATtctc > 2:1722654/1‑150 (MQ=255) cGCAAAGGACAAATGGTCGGAAAGCGCGATATGAATGTGATCGCTCAGCGGCGCCGCGAGCTCTCCTTCCGCATAGCTGATGATATCCTCAGCTATTTCTATATGCTCCTCCGGCAGTGTTTGCAGGATTTGTTTGAACTATTCATtctc > 2:2936793/1‑150 (MQ=255) gCAAAGGACAAATGGTCGGAAAGCGCGATATGAATGTGATCGCTCAGCGGCGCCGCGAGCTCTCCTTCCGCATAGCTGATGATATCCTCAGCTATTTCTATATGCTCCTCCGGCAGTGTTTGCAGGATTTGGTTGAACTTTTCATTCtcg > 2:2479752/1‑150 (MQ=255) cAAAGGACAAATGGTCGGAAAGCGCGATATGAATGTGATCGCTCAGCGGCGCCGCGAGCTCTCCTTCCGCATAGCTGCTGATATCCTCAGCTATTTCTATATGCTCCTCCGGCAGGGTTTGCAGGATTTGTTTGGACTTTTCATTCtcgt > 2:2744153/1‑150 (MQ=255) cAAAGGACAAATGGTCGGAAAGCGCGATATGAATGTGATCGCTCAGCGGCGCCGCGAGCTCTCCTTCCGCATAGCTGATGATATCCTCAGCTATTTCTATATGCTCCTCCGGCAGTGTTTGCAGGATTTGTTTGAACTTTTCATTCtcgt < 1:3782830/150‑1 (MQ=255) aGGACAAATGGTCGGAAAGCGCGATATGAATGTGATCGCTCAGCGGCGCCGCGAGCTCTCCTTCCGCATAGCTGATGATATCCTCAGCTATTTCTATGTGCTCCTCCGGCAGTGTTTGCAGGATTTGTTTGTACTTTTCCTTCtcgtcgg > 2:2009384/1‑149 (MQ=255) gACAAATGGTCGGAAAGCGCGATATGAATGTGATCGCTCAGCGGCGCCGCGAGCTCTCCTTCCGCATAGCTGATGGTATCCTCAGCTATTTCTAAATGCTCCTCCGGCAGTGTTTGCAGGATTTGTTTGAACTTTTCATTCTCGTCgcgc > 1:549737/1‑150 (MQ=255) aaaTGGTCGGAAAGCGCGATATGAATGTGATCGCTCAGCGGCGCCGCGAGCTCTCCTTCCGCATAGCTGATGATATCCTCAGCTATTTCTATATGCTCCTCCGGCAGTGTTTGCAGGATTTGGTTGAACTTTTCATTCTCGTCGCGCACg > 2:3517098/1‑150 (MQ=255) ggTCTGAAAGAGCGATATGCTTTTGATCGCTCAGCGGCGCCGCATGCTCTCCTTCCGCATAGCTGATGATTTCCTCAGCTATTTCTATATGCTCCTCCGGCAGTGTTTGCAGGATTTGTTTGAACTTTTCATTCTCGTCGCGCACGACaa < 1:1995691/150‑1 (MQ=255) gTCGGAAAGCGCGATATGAATGTGATCGCTCAGCGGCGCCGCGAGCTCTCCTTCCGCATAGCTGATGATATCCTCAGCTATTTCTATATGCTCCTCCGGCAGGGTTTGCAGGATTTGTTTGGACTTTTCATTCTCGTCGCGCACGACaaa > 2:360396/1‑150 (MQ=255) | GACACGCCCAATGTCTCTTTTACATGTCCGATCGCCCACAGGCCGATCTCGTATTCTTTTTTATAGAGCGCTTTTATCTCATGCAGCAATTTATTCTGCACAAGCAGCCCATTTTGAATCCTTTCGATCGCAAAGGACAAATGGTCAGAAAGCGCGATATGAATGTGATCGCTCAGCGGCGCCGCGAGCTCCCCTTCCGCATAGCTGATGATATCCTCAGCTATTTCAATATGCTCCTCCGGCAGTGTTTGCAGGATTTGTTTAAACTTTTCATTCTCGTCGTGCACGACAAA > CP006881/3724396‑3724688 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |