| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP006881 | 30,182 | C→T | intergenic (+147/‑96) | U712_00120 → / → U712_20865 | Sigma‑K factor‑processing regulatory protein BofA/16S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 30,182 | 0 | C | T | 98.3% | 900.9 / NA | 294 | intergenic (+147/‑96) | U712_00120/U712_20865 | Sigma‑K factor‑processing regulatory protein BofA/16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (127/160); minor base G (5/0); total (134/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.81e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
TGATATTATGTATTGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGCGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCT > CP006881/30037‑30328 | tGATATTATGTATTGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTa > 2:3878644/1‑150 (MQ=255) gATATTATGTATTGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTaa < 2:1015664/150‑1 (MQ=255) tattatGTATTGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAAc < 1:3052701/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |