| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 924,079 | 0 | T | A | 30.5% | 459.8 / 270.6 | 288 | intergenic (‑59/‑220) | U712_04490/U712_04495 | Vegetative catalase/Aliphatic sulfonates import ATP‑binding protein SsuB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (100/100); new base A (39/49); total (139/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
TTAAAGTTGGTCCGCGAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGT‑AAAAAGTCAATATTATTTTATAATTATTATAAAATAGTTATCTCTATTAATCGATATATAGTATCGAAATTGTTGAAAAACCTTGTTGTAACAGCTTTTTATGACACTTAATAATTTTTGGAGAAATAATTTTTCCTTCTCTATTTGCGAAACAAGCAGAGT > CP006881/923930‑924228 | tAAAGTTGGTCCGCGAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAAAAAAGTCAatat < 2:1919914/150‑1 (MQ=255) tAAAGTTGGTCCGCGAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAAAAAAGTCAacat > 1:5643831/1‑150 (MQ=255) aaaGTTGGTCCGCGAGAACCGGCAGTCATTGAGTTTTGATTATCTCCAACCGGAGCGCCCCAGCTAGTTGTCAGTTTATTTGAACTCATGTTATCACCTCTTGGAATTTATAAGAACATAATATCATCTCTAAGTAAAAAAGTCAAtatt > 1:111470/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |