| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,304,688 | A→G | 13.0% | intergenic (+295/+420) | eco → / ← mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,304,688 | 0 | A | G | 13.0% | 194.1 / 22.7 | 101 | intergenic (+295/+420) | eco/mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/50); new base G (3/9); total (32/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
ACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATC > NC_000913/2304539‑2304837 | acacGGCGGTAACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACACGTCTTTGATGTGCTCCACCCCTTAGGTCTGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCa < 1:2790821/150‑1 (MQ=11)aCAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTAATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCCCCCCGAAGGGAGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCa > 1:3257956/1‑150 (MQ=11) aaGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAg > 2:4075979/1‑150 (MQ=34) 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tCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgc > 2:3280662/1‑150 (MQ=37) ccaaCGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcg < 2:3053293/148‑1 (MQ=25) cTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcg < 1:1597277/150‑1 (MQ=37) cTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTACACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCGAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGTCGCTGgcg > 2:1305760/1‑150 (MQ=255) tAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcgc < 2:1145307/150‑1 (MQ=37) tAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcgc > 1:284935/1‑150 (MQ=37) tAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCt > 1:3692029/1‑134 (MQ=17) caaCGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcgc > 2:2608363/2‑150 (MQ=14) caaCGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGCCACCCCGTAGGTTGGAGAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcgc < 2:3158304/149‑1 (MQ=255) aCGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCg > 2:1251861/1‑125 (MQ=38) aCGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCg < 1:1251861/125‑1 (MQ=38) aCGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGt > 1:2485145/1‑150 (MQ=37) ccAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCAACACCGCTGTTAAGTGCTCCAACCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATACGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTa > 1:2274972/1‑150 (MQ=255) cAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATAAGGCCAACACCCCAGTGAAGTGCTCCACCCCCTAGGTTGGTTAAGGCGGTTACGCCGCAACCCACAACCAACGACCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAt > 1:771992/1‑150 (MQ=11) aaGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATc > 2:2022388/1‑150 (MQ=37) aaGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATc > 2:809978/1‑150 (MQ=37) aaGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAAAAGGCCAACACCCCAGTGAAGAGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCAACCGACAACCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCGTaac > 1:2453847/1‑148 (MQ=11) | ACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATC > NC_000913/2304539‑2304837 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |