| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,470,431 | G→T | 13.4% | R434I (AGA→ATA) | gtrS → | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,470,431 | 0 | G | T | 13.4% | 552.4 / 4.2 | 205 | R434I (AGA→ATA) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (80/88); new base T (20/4); total (113/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.56e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |