Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,470,441 | C→A | 9.9% | D437E (GAC→GAA) | gtrS → | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,470,441 | 0 | C | A | 9.9% | 661.9 / 9.9 | 215 | D437E (GAC→GAA) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (87/96); new base A (29/2); total (117/98) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.93e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
TGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGA‑TGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTT > NC_000913/2470294‑2470589 | tGGAATATCTCAATTTTTTGTGTCTTTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTTTTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACaa < 1:1499210/150‑1 (MQ=255) aaTATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAATAAATCAAAACAAAAg > 1:2335999/1‑150 (MQ=255) aaTATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAAATTATAAAATAATTCAAAGAAAAAAATACAAAAg > 1:3639820/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |