| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 446,788 | T→C | 6.5% | intergenic (‑122/+27) | yajR ← / ← cyoE | putative transporter/protoheme IX farnesyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 446,788 | 0 | T | C | 6.5% | 855.2 / 32.8 | 260 | intergenic (‑122/+27) | yajR/cyoE | putative transporter/protoheme IX farnesyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (102/141); new base C (8/9); total (110/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
CACCTGGCGTCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGCGATGATAGAGAAGCCGAACAGCTTGCGCGCCCAGATTCTGT > NC_000913/446639‑446936 | cTGGCGTCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGc < 2:656913/150‑1 (MQ=255) cTGGCGTCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGc < 2:2168218/150‑1 (MQ=255) gTCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCtt > 1:3726099/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |