| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,406,129 | T→C | 100% | intergenic (+144/‑61) | purA → / → nsrR | adenylosuccinate synthetase/nitric oxide‑sensitive repressor for NO regulon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,406,129 | 0 | T | C | 100.0% | 1727.1 / ‑6.7 | 449 | intergenic (+144/‑61) | purA/nsrR | adenylosuccinate synthetase/nitric oxide‑sensitive repressor for NO regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (215/233); minor base A (1/0); total (216/233) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 449 total aligned reads displayed.
GTAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTGAGGTTGATGTGCAGTTAACGAGTTTCACTGATTACGGATTACGTGCGCTGATCTACATGGCGTCATTGCCAGAAGGGCGGATGACCAGTATTTC > NC_000913/4405982‑4406275 | tAATTCTGGTACGCCTGGCATATTTTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACAGTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACTGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCtgt < 1:3465028/150‑1 (MQ=255) tAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGTAATAAATTAGGGTCACAGCCtgt > 2:798854/1‑150 (MQ=255) aTTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTgg > 1:3801214/1‑150 (MQ=255) 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gCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACTGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAATTTAGCGACACAGCCTGTGGCTGGTTTatc < 1:43153/150‑1 (MQ=255) gCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTGGTTTatc < 1:1894886/150‑1 (MQ=255) tggatgATTTTTTGCCTGCCGGGCTACCAGTGTGATACAGTGATGTGTCGGTTAATCCATTACTCTTTCCTAAACAGTTTTATATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCTAAATTAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTTGTTTatcatc < 1:4931216/145‑1 (MQ=255) tGGCTGATATTGTGCCTGCCGGGCTAACTGTGTGATACTGTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCGGACTCTGTGTTATAGCGTCGCTTTTTTCGTTCCCCGAACTGATATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTGGTTTatcatc < 2:118255/150‑1 (MQ=255) tGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTGGTTTatcatc > 1:727462/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |