New junction evidence | |||||||||||
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? | NC_000913 | 3910474 = | NA (NA) | noncoding (32/35 nt) | REP284 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP284 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
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ttCAGTTAAACGCGTTTACAAAGTCATTTTGTAATGCCGGATGCGGCGTAAAACACCGTACCCGGCCTGGAGTTTTATTAGTACAGCGGCTTACCGCTACTGTCTTTAATATTGGTCTTCCACGCAGCGCGAACCTGTTCAACTACACt > 1:1036188/1‑149 (MQ=255) cAGTAAAACGCGTTTACAAAGTCATTTTGTAATGCCGGATGCGGCGAAAAAAACCTTACCCGGAATGGAGTATTATTAGTACAGAGGCTTAACTCTACTCTCTTTAATATTGGTATAACACTCAGAACGAACCTCTTCTACTACACTaa > 2:1292451/1‑148 (MQ=255) ttAAACGCGGTTACAAAGTCATTTTGTAATGCCGGATGCGGCGTAAAACGCCGTACCCGGCCTGGAGTTTTATTAGTACAGCGGCTTACGGCAACTGTCTTTAATATTGGTCTTCCACGCAGCGCGACCCTGTTCAACTACACTATCCg > 2:871630/1‑149 (MQ=255) tAAACGCGTTTACAGAGTCATTTTGTAATGCCGGATGCGGCGTAAAACACCGTACACGGCCGCGAGTTTTATTAGTACAGCGGCTTACCGCTACTGTCTTTAATATTGGTCTTCCACGCAGCGCGAACCTGTTCAACTACACTATCCgg < 1:1385397/149‑1 (MQ=255) aaaCGCGTTTACAAAGTCATTTTGTAATGCCGGATGCGGCGTAAAACACCGTACCCGGCCTGGAGTTTTATTAGTACAGCGGCTTACCGCTACTGTCTTTAATATTGGTCTTCCACGCAGCGCGAACCTGTTCAACTACACTATCCGGc > 1:611242/1‑149 (MQ=255) gcgTTTACAAAGTCATTTTGTAATGCCGGATGCGGCGTAAAACACCGTACCCGGCCTGGAGTTTTATTAGTACAGCGGCTTACCGCTACTGTCTTTAATATTGGTCTTCCACGCAGCGCGAACCTGTTCaa < 2:1276780/131‑1 (MQ=255) gcgTTTACAAAGTCATTTTGTAATGCCGGATGCGGCGTAAAACACCGTACCCGGCCTGGAGTTTTATTAGTACAGCGGCTTACCGCTACTGTCTTTAATATTGGTCTTCCACGCAGCGCGAACCTGTTCaa > 1:1276780/1‑131 (MQ=255) tACAAAGTCATTTTGTAATGCCGGATGCGGCGTAAAACACCGTACCCGGCCTGGAGTTTTATTAGTACAGCGGCTTACCGCTACTGTCTTTAATATTGGTCTTCCACGCAGCGCGAACCTGTTCAACTACACTATCCGGCAGGCTGGCg > 1:659232/1‑149 (MQ=255) aCAAAGTCATTTTGTAATGCCGGATGCGGCGTAAAACACCGTACCCGGCCTGGAGTTTTATTAGTACAGCGGCTTACCGCTACTGTCTTTAATATTGGTCTTCCACGCAGCGCGAACCTGTTCAACTACACTATCCGGCAGGCTGGCGt > 2:520369/1‑149 (MQ=255) aCAAAGTCATTTTGTAATGCCGGATGCGGCGTAAAACACCGTACCCGGCCTGGAGTTTTATTAGTACAGCGGCTTACCGCTACTGTCTTTAATATTGGTCTTCCACGCAGCGCGAACCTGTTCAACTACACTATCCGGCAGGCTGGCGt > 1:7751/1‑149 (MQ=255) aaaGTCATTTTGTAATGCCGGATGCGGCGTAAAACACCGTACCCGGCCTGGAGTTTTATTAGTACAGCGGCTAACCGCTACTGTCTTTAATAATGGTCTTCCACGCCGCGCGAACCTGTTCAACTACACTATCCGGCAGGCTGGCGTaa > 2:357230/1‑149 (MQ=255) aGTCATTTTGTAATGCCGGATGCGGCGTAAAACACCGTACCCGGCCTGGAGTTTTATTAGTACAGCGGCTTACCGCTACTGTCTTTAATATTGGTCTTCCACGCAGCGCGAACCTGTTCAACTACACTATCCGGCAGGCTGGCGTAATc > 1:600530/1‑149 (MQ=255) cATTTTGTAATGCCGGATGCGGCGTAAAACACCGTACCCGGCCTGGAGTTTTATTAGTACAGCGGCTTACCGCTACTGTCTTTAATATTGGTCTTCCACGCAGCGCGAACCTGTTCAACTACACTATCCGGCAGGCTGGCGTAATCCAg < 1:402829/149‑1 (MQ=255) cATTTTGTAATGCCGGATGCGGCGTAAAACACCGTACCCGGCCTGGAGTTTTATTAGTACAGCGGCTTACCGCTACTGTCTTTAATATTGGTCTTCCACGCAGCGCGAACCTGTTCAACTACACTATCCGGCAGGCTGGCGTAATCCAg < 2:74652/149‑1 (MQ=255) ttttGTAATGCCGGATGCGGCGTAAAACACCGTACCCGGCCTGGTGTTTTATTAGTACAGCGGCTTGCCGCTACTGTCTTTAATATTGGTCTTCCACGCAGCGCGAACCTGTTCAACTACACTATCCGGCATGCTGGGGTAATCCAGGt > 2:218072/1‑149 (MQ=255) gTAATGCCGGATGCGGCGTAAAACACCGTACCCGGCCTGGAGTTTTATTAGTACAGCGGCTTACCGCTACTGTCTTTAATATTGGTCTTCCACGCAGCGCGAACCTGTTCAACTACACTATCCGGCAGGCTGGCGTAATCCAGGTCGtt > 1:590771/1‑149 (MQ=255) gTAATGCCGGATGCGGCGTAAAACACCGTACCCGGCCTGCAGTTTTATTAGTACAGAGGCTTACCGCTACTGTCTTTAATATTGGTCTTCCACGCAGCGCCAACCTGATCAACTACACTATCAGGCAGGCTGGCGTAATCCAGGTCGtt > 1:261818/1‑149 (MQ=255) GCCGGATGCGGCGTAGAACACCGTACCCGGCCTGGAGTTTTATTAGTACAGCGGCTTACCGCTACTGTCTTTAATATTGGTCTTCCACGCAGCGCGAACCTGTTCAACTACACTATCCGGCAGGCTGGCGTAATCCAGGTCGTTCGCCt < 1:894541‑M1/149‑1 (MQ=255) GCCGGATGCGGCGTAAAACACCGTACCCGGCCTGGAGTTTTATTAGTACAGCGGCTTACCGCTACTGTCTTTAATCTTGGTCTTCCACGCAGCGCGAACCTGTTCAACTACACTATCCGGCAGGCTGGCGTAATCCAGGTCGTTCGCCt > 2:12465‑M1/1‑149 (MQ=255) GCCGGATGCGGCGTAAAACACCGTACCCGGCCTGGAGTTTTATTAGTACAGCGGCTTACCGCTACTGTCTTTAATATTGGTCTTCCACGCAGCGCGAACCTGTTCAACTACACTATCCGGCAGGCTGGCGTAATCCAGGTCGTTCGCCt > 1:666769‑M1/1‑149 (MQ=255) | CCAACATCAATAGCACAATCAGCGCCGCCAGTTTTACCAGCACGCTGAAAATTATGTCGCCCTTTTTACCCGGTGGGTTAAAAGCAGGCTTGGTTGCAGCCATAAGTTACTCTTCAGTTAAACGCGTTTACAAAGTCATTTTGTAATGCCGGATGCGGCGTAAAACACCGTACCCGGCCTGGAGTTTTATTAGTACAGCGGCTTACCGCTACTGTCTTTAATATTGGTCTTCCACGCAGCGCGAACCTGTTCAACTACACTATCCGGCAGGCTGGCGTAATCCAGGTCGTTCGCCT > NC_000913/3910296‑3910591 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |