| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,891,504 | T→A | 5.3% | intergenic (+21/‑111) | tnaB → / → mdtL | tryptophan transporter of low affinity/multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,891,504 | 0 | T | A | 5.3% | 347.1 / 6.0 | 122 | intergenic (+21/‑111) | tnaB/mdtL | tryptophan transporter of low affinity/multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (62/52); new base A (3/4); total (66/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
TTTCCCAATCAGATGTTCACGGTCTGGGGCGGCAATCTTATTCCGGCGATTGTCATTCTCTTTGGTATAACCGTGATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGT > NC_000913/3891358‑3891649 | cAATCAGATGTTCACGGTCTGGGGCGGCAATCTTATTCCGGCGATTGTCATTCTCTTTGGTATAACCGTGATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCAATCGCTgg > 2:711936/1‑149 (MQ=255) tttcttaTGTTCTCGGTCTGGGGAGGTATTCTTATTCCGGCGATTGTCATTCTATTTGGTATAAACGTGATTTTGTGCTGGTTCGGCAAAGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCGAAtggctggc < 1:1017667/143‑1 (MQ=255) aaTCAGATGTTCACGGTCTGGGGCGGCAATCTTATTCCGGCGATTGTCATTCTCTTTGGTATAACCGTGATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGc > 1:786069/1‑149 (MQ=255) 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gCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCTCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCCCTTATGTCCAACTGGCAACACGCCTGATCCTCCTTCACCACGTGTGCTTTGCGTCCGCGTACTGTCTGGCGGCTTGAGCACATGTCCCGCtttt > 2:1027818/1‑149 (MQ=255) gCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCACCTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCtgtt > 2:915209/1‑149 (MQ=255) cTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACGATCAGGTCGGTTTAGCCCATGTCCCGCttttt > 2:1550819/1‑149 (MQ=255) tAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTg > 2:749831/1‑149 (MQ=255) atgaagCCAGCATTTCGCTGGATTCTTGGATCTCATTTAATTACTTATTTCCAATTGGCATCTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCGTCTCCTTACTATCATGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTgttgtt < 1:471657/147‑1 (MQ=255) 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gccaTTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATAACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTGCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGACCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCACTgg > 1:555379/1‑149 (MQ=255) ccaTTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGt < 1:1135723/149‑1 (MQ=255) | TTTCCCAATCAGATGTTCACGGTCTGGGGCGGCAATCTTATTCCGGCGATTGTCATTCTCTTTGGTATAACCGTGATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGT > NC_000913/3891358‑3891649 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |