Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 304,790 | 0 | T | G | 5.5% | 309.6 / 4.0 | 117 | E139A (GAG→GCG) | ecpE | ECP production pilus chaperone |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (60/50); new base G (5/2); total (65/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
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caccaccacCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCAc > 1:584022/1‑149 (MQ=255) caccaccacCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCAc < 2:720777/149‑1 (MQ=255) ccaccaccGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCa < 1:562036/149‑1 (MQ=255) cccaaccGGCGGCGTGGTCAGCACGGAGCCGGTGCGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAAAGAGACCAGGTAGTAGCGCTCGCGGTTAACCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAACAAACTCGCTCTCACCAg > 1:1101258/5‑149 (MQ=255) caccaccGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGCCCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAg > 1:1281755/1‑149 (MQ=255) ccaaccGGCGGCGTGGTCAGCACGGAGCCGGTTGGGCGGCGTCTTGGATGGTTACGAGGGGGGACCTCGCGAAATGAGACGCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGAGAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGc > 1:1466058/4‑149 (MQ=255) caaccGGCGGCGTGGTCAGCACGGAGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGcc > 2:740894/3‑149 (MQ=255) caaccGGCGGCGTGGTCAGCACGGAGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGcc > 1:1089871/3‑149 (MQ=255) accGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTg < 1:187615/149‑1 (MQ=255) cGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCa < 1:79689/149‑1 (MQ=255) ggCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCaa > 2:1166717/1‑149 (MQ=255) gCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCacc > 1:1453743/1‑147 (MQ=255) | TTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCAAC > NC_000913/304642‑304936 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |