| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 558,385 | T→G | 6.9% | R58R (CGT→CGG) | sfmA → | FimA homolog, function unknown |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 558,385 | 0 | T | G | 6.9% | 257.3 / 9.0 | 102 | R58R (CGT→CGG) | sfmA | FimA homolog, function unknown |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/49); new base G (5/2); total (51/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CGCTGGCTGCCGCACTATTCGCCGCTACGGGTAGTTATGCTGCCGTTGTAGATGGCGGTACAATTCACTTTGAAGGCGAACTGGTGAATGCTGCCTGTTCAGTGAATACTGACTCGGCAGACCAGGTTGTCACACTCGGTCAATATCGTACCGATATTTTCAATGCTGTTGGTAATACCTCTGCATTAATTCCATTCACCATTCAGTTGAACGACTGCGATCCTGTTGTTGCCGCTAATGCTGCCGTTGCATTTTCTGGTCAGGCTGATGCAATCAATGATAATTTATTGGCCATTG > NC_000913/558237‑558533 | cgcTGGCTGCCGCACTATTCGCCGCTACGGGTAGTTATGCTGCCGTTGTAGATGGCGGTACAATTCACTTTGAAGGCGAACTGGTGAATGCTGCCTGTTCAGTGAATACTGACTCGGCAGACCAGGTTGTCACACTCGGTCAATATCGt > 2:750591/1‑149 (MQ=255) gctggctgCCGCACTATTCGCCGCTACGGGTAGTTATGCTGCCGTTGTAGATGGCGGTACAATTCACTTTGAAGGCGAACTGGTGAATGCTGCCTGTTCAGTGAATACTGACTCGGCAGACCAGGTTGTCACACTCGGTCAATATCGTa < 1:1077415/149‑1 (MQ=255) ctggctgCCGCACTATTCTCCGCTACGTGTAGTAATGCTGCCGTTGTAGATGGATGTACAATTCACTTAGAAGGCGAAATGGTGAATGCTGCCTGTTCAGTGAATACTGACTCGGCAGACCAGGTTGTCACACTCGGTCAATATCGTAc < 2:935969/149‑1 (MQ=255) 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agggccatatCTTACCGATATTTTCAATGCTGTTGGTAATACCTCTGCATTAATTCCATTCACCATTCAGTTGACCGACTTCGATCCTGTTGTTGCAGCTAATGCTGCCGTGGCATTTTCTGGTCCGGCTGATGCAATCAATGATAAtt < 1:910244/143‑1 (MQ=255) tgaaaaTATCGGTACGATATTTTCAATGCTGTTGGTAATACCTCTGCATTAATTCCATTCACCATTCAGTTGAACGACTGCGATCCTGTTGTTGCCGCTAATGCTGCCGTTGCATTTTCTGGTCAGGCTGATGCAATCAATGATAAttt > 2:715284/5‑149 (MQ=255) tgaaaaTATCGGTACGATATTTTCAATGCTGTTGGTAATACCTCTGCATTAATTCCATTCACCATTCAGTTGAACGACTGCGATCCTGTTGTTGCCGCTAATGCTGCCGTTGCATTTTCTGGTCAGGCTGATGCAATCAATGATAAttt > 1:116605/5‑149 (MQ=255) gTCAATATCGTACCGATATTTTCAATGCTGTTGGTAATACCTCTGCATTATTTCCATTCACCAGTCAGTTGAACGACTGCGATCCTGTTGTTGCCGCTAATGCTGCCGTTGCATTTTCTGGTCAGGCTGATGCAATCAATGATTAtttt > 1:367475/1‑148 (MQ=255) cAATATCGTACCGATATTTTCAATGCTGTTGGTAATACCTCTGCATTAATACCATTCACCATTCAGTTGAACGACTGCGATACTGTTGTTGCCGCTAATGCTGCCGTTGCATTTTCTGGTCAGGCTGATGCAAACAATGATAATTTAtt > 1:1534406/1‑149 (MQ=255) 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tACCGATATTTTCAATGCTGTTGGTAATACCTCTGCATTAATTCCATTCACCATTCAGTTGAACGACTGCGATCCTGTTGTTGCCGCTAATGCTGCCGGTGCATTTTCTGGTCAGGCTTATGCAATCAATTATAATTTATTGGCCAtta > 2:863903/1‑148 (MQ=255) | CGCTGGCTGCCGCACTATTCGCCGCTACGGGTAGTTATGCTGCCGTTGTAGATGGCGGTACAATTCACTTTGAAGGCGAACTGGTGAATGCTGCCTGTTCAGTGAATACTGACTCGGCAGACCAGGTTGTCACACTCGGTCAATATCGTACCGATATTTTCAATGCTGTTGGTAATACCTCTGCATTAATTCCATTCACCATTCAGTTGAACGACTGCGATCCTGTTGTTGCCGCTAATGCTGCCGTTGCATTTTCTGGTCAGGCTGATGCAATCAATGATAATTTATTGGCCATTG > NC_000913/558237‑558533 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |