| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 558,386 | A→T | 6.9% | T59S (ACC→TCC) ‡ | sfmA → | FimA homolog, function unknown |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 558,386 | 0 | A | T | 6.9% | 277.2 / 8.7 | 102 | T59S (ACC→TCC) ‡ | sfmA | FimA homolog, function unknown |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/47); new base T (5/2); total (52/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GCTGGCTGCCGCACTATTCGCCGCTACGGGTAGTTATGCTGCCGTTGTAGATGGCGGTACAATTCACTTTGAAGGCGAACTGGTGAATGCTGCCTGTTCAGTGAATACTGACTCGGCAGACCAGGTTGTCACACTCGGTCAATATCGTACCGATATTTTCAATGCTGTTGGTAATACCTCTGCATTAATTCCATTCACCATTCAGTTGAACGACTGCGATCCTGTTGTTGCCGCTAATGCTGCCGTTGCATTTTCTGGTCAGGCTGATGCAATCAATGATAATTTATTGGCCATTGC > NC_000913/558238‑558534 | gctggctgCCGCACTATTCGCCGCTACGGGTAGTTATGCTGCCGTTGTAGATGGCGGTACAATTCACTTTGAAGGCGAACTGGTGAATGCTGCCTGTTCAGTGAATACTGACTCGGCAGACCAGGTTGTCACACTCGGTCAATATCGTa < 1:1077415/149‑1 (MQ=255) ctggctgCCGCACTATTCTCCGCTACGTGTAGTAATGCTGCCGTTGTAGATGGATGTACAATTCACTTAGAAGGCGAAATGGTGAATGCTGCCTGTTCAGTGAATACTGACTCGGCAGACCAGGTTGTCACACTCGGTCAATATCGTAc < 2:935969/149‑1 (MQ=255) gctgCCGCACTATTCGCCGCTACGGGTAGTTATGCTGCCGTTGTAGATGGCGGTACAATTCACTTTGAAGGCGAACTGGTGAATGCTGCCTGTTCAGTGAATACTGACTCGGCAGACCAGGTTGTCACACTCGGTCAATATCGTACCGa < 1:1560948/149‑1 (MQ=255) 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aCCGATATTTTCAATGCTGTTGGTAATACCTCTGCATTAATTCCATTCAGCATTCAGTTGAACGACTGCGATCCTGTTGTTGCCGCTAATGCTGCCGTTGCATTTTCTGGTCAGGCTGATGCAATCAATGATAATTTATTGGCCATTGc < 1:626339/149‑1 (MQ=255) | GCTGGCTGCCGCACTATTCGCCGCTACGGGTAGTTATGCTGCCGTTGTAGATGGCGGTACAATTCACTTTGAAGGCGAACTGGTGAATGCTGCCTGTTCAGTGAATACTGACTCGGCAGACCAGGTTGTCACACTCGGTCAATATCGTACCGATATTTTCAATGCTGTTGGTAATACCTCTGCATTAATTCCATTCACCATTCAGTTGAACGACTGCGATCCTGTTGTTGCCGCTAATGCTGCCGTTGCATTTTCTGGTCAGGCTGATGCAATCAATGATAATTTATTGGCCATTGC > NC_000913/558238‑558534 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |