| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,906,229 | T→G | 5.3% | I181S (ATC→AGC) | mntP → | putative Mn(2+) efflux pump, mntR‑regulated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,906,229 | 0 | T | G | 5.3% | 292.2 / 4.4 | 110 | I181S (ATC→AGC) | mntP | putative Mn(2+) efflux pump, mntR‑regulated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (62/42); new base G (4/2); total (66/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.39e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
AACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGCGTCATCTGCAATAATG > NC_000913/1906081‑1906375 | aCATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGATAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATc > 2:1483528/1‑149 (MQ=255) cATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCGTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTGTATCGGCTCAATTATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGTGCTGGTGATGCTCGGCATCGGCGTCCAGATca > 2:482586/1‑148 (MQ=255) ttATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGAGTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCctc > 1:908573/1‑149 (MQ=255) 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aGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGCGTCATCTGCaataat > 1:217612/1‑149 (MQ=255) gATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGCGTCATCTGCAATAATg < 2:9939/149‑1 (MQ=255) | AACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGCGTCATCTGCAATAATG > NC_000913/1906081‑1906375 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |