| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 222,965 | (A)8→7 | coding (133/576 nt) | gmhB → | D,D‑heptose 1,7‑bisphosphate phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 222,958 | 0 | A | . | 98.9% | 392.1 / ‑2.6 | 88 | coding (126/576 nt) | gmhB | D,D‑heptose 1,7‑bisphosphate phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base . (38/49); total (39/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTAAGGAGCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCTAAAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGATGGTATCTA > NC_000913/222815‑223101 | attaAGGAGCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCTaaaaaa > 1:815161/1‑149 (MQ=255)attaAGGAGCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTCACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTTTGTCGAGGAGATCGCCAACTTTGAAGTTATCGACGGTGTTTTTGACGCCCTGCGCGAGCTaaaaaa > 2:94990/1‑149 (MQ=255) aaGGAGCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCTaaaaaaatg < 1:426826/149‑3 (MQ=255) ggAGCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCTaaaaaaatggg > 2:486279/1‑145 (MQ=255) gCTATAAAAGGGGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGGCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCtt < 2:724028/149‑1 (MQ=255) cTATTAAAGGTGGCGTAGAGCTTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGTCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCttt < 2:249972/149‑1 (MQ=255) ataCAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTATTGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTgc < 1:1281618/149‑1 (MQ=255) ataAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAAGTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTgc > 1:32844/1‑149 (MQ=255) taAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTgcg > 1:952121/1‑149 (MQ=255) taAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTgcg > 2:365345/1‑149 (MQ=255) aaaaGGTGGCGTAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGTCCGTGATGGCACCATTTATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTgcgc < 1:904298/149‑1 (MQ=255) aaaaGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTTACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTgcgc < 2:1186266/149‑1 (MQ=255) atgTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTGTTGACCGTGTTGGCACCATTAATGTCGTTCACGGCTATGTCCATGAGTTCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCtgg < 1:124022/147‑1 (MQ=255) ggTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCtggt < 2:212965/149‑1 (MQ=255) gTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCtggtg > 2:1255602/1‑149 (MQ=255) tGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCtggtgg < 2:573863/149‑1 (MQ=255) tGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCtggtgg < 2:363622/149‑1 (MQ=255) tGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCtggtgg < 1:457366/149‑1 (MQ=255) ccGAAGCGCGTACCCGCAATTTTTCTTCACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGCCCATGAGAGCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGgta < 1:540225/148‑1 (MQ=255) 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ccGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGt > 1:661243/1‑149 (MQ=255) cGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTc > 2:450503/1‑149 (MQ=255) cGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTc > 2:340098/1‑149 (MQ=255) cAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTg < 2:650068/149‑1 (MQ=255) cAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGAAATGTCCATGAGATCCACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTg < 1:998511/149‑1 (MQ=255) tttttCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCa > 1:1294769/1‑149 (MQ=255) ttttCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCAt > 1:427098/1‑149 (MQ=255) tttCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCAtt < 1:788350/149‑1 (MQ=255) gACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTAGCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTcgc < 1:704691/149‑1 (MQ=255) cGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGt > 1:641329/1‑149 (MQ=255) cGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACAAACAAGTCTGGCATTGCTCGCGGt > 2:1182550/1‑149 (MQ=255) gCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTa < 2:1294769/149‑1 (MQ=255) gCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTa < 1:808333/149‑1 (MQ=255) gCACCATTAATGTCGAGCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGCCGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTa < 1:55061/149‑1 (MQ=255) cACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTAATCGACGGTGGTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTAc < 2:1003869/149‑1 (MQ=255) 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ttGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATc < 2:427098/149‑1 (MQ=255) gACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCTCTGGGGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACAGAAGCACAGTTTGAACCTGTGCCCGAGTGGATGGACTGTTCGATTGCGGACCTAGATGTCGAGCtt > 2:1286574/1‑148 (MQ=255) gACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTg > 2:403849/1‑149 (MQ=255) aCGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTCCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCTCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGAGGATGGACTGTTCGCTGGCGGACAGAGATATCGATCTgg > 1:312946/1‑149 (MQ=255) cGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGa < 1:486279/149‑1 (MQ=255) gCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGAt > 2:960190/1‑149 (MQ=255) gCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCGTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGAt < 2:32844/149‑1 (MQ=255) ccATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGATg < 1:649147/149‑1 (MQ=255) aTGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTTGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGACGGt < 2:377149/149‑1 (MQ=255) tGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCGGGTGGTAGTCCCCAACCAGGCTGGCATGGCTCGCGGTAAATTTACCGACGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGATGGTa < 2:108561/149‑1 (MQ=255) cgcgAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGATGGTATc < 2:576039/149‑1 (MQ=255) cgAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTACCCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAACCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTTCATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGATGGTATCta < 2:139803/149‑1 (MQ=255) | ATTAAGGAGCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCTAAAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGATGGTATCTA > NC_000913/222815‑223101 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |