| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC | NC_000913 | 4,183,399 | Δ3 bp | 66.6% | coding (2155‑2157/4029 nt) | rpoB → | RNA polymerase, beta subunit |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4183398 | 109 (0.470) | 213 (0.910) | 115/276 | NT | 66.6% | coding (2154/4029 nt) | rpoB | RNA polymerase, beta subunit |
| ? | NC_000913 | 4183402 = | 105 (0.450) | coding (2158/4029 nt) | rpoB | RNA polymerase, beta subunit | |||||
Only 100 of 342 total aligned reads displayed.
CTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCC > NC_000913/4183255‑4183550 | ttcctggaacacgatgacgccaaccgtgcattgatgggtgcgaacatgcaacgtcaggccgttccgactctgcgcgctgataagccgctggttggtactggtatggaacgtgctgttgccgttgactccggtgtaactgcggtagctCgt > 2:1709017‑M2/148‑150 (MQ=255)cTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACgt < 2:560848/150‑1 (MQ=255) tcctggaacacgatgacgccaaccgtgcattgatgggtgcgaacatgcaacgtcaggccgttccgactctgcgcgctgataagccgctggttggtactggtatggaacgtgctgttgccgttgactccggtgtaactgcggtagctCgtg < 2:2237837‑M2/4‑1 (MQ=255) tGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACgtg < 1:2234564/150‑1 (MQ=255) tGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACgtg > 2:1838262/1‑150 (MQ=255) tggaacacgatgacgccaaccgtgcattgatgggtgcgaacatgcaacgtcaggccgttccgactctgcgcgctgataagccgctggttggtactggtatggaacgtgctgttgccgttgactccggtgtaactgcggtagctCgtggtg < 2:2897027‑M2/7‑1 (MQ=255) nggaacacgatgacgccaaccgtgcattgatgggtgcgaacatgcaacgtcaggccgttccgactctgcgcgctgataagccgctggttggtcctggtatggaacgtgctgttgccgttgactccggtgtaactgcggtagctCgtggtg > 1:2732914‑M2/144‑150 (MQ=255) aaCACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACgtggtg < 1:2636379/150‑1 (MQ=255) 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gtgcattgatgggtgcgaacatgcaacgtcaggccgttccgactctgcgcgctgataagccgctggttggtactggtatggaacgtgctgttgccgttgactccggtgtaactgcggtagctCGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATg > 1:2093456‑M2/123‑150 (MQ=255) cATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATg < 1:2852799/150‑1 (MQ=255) attgatgggtgcgaacatgcaacgtcaggccgttccgactctgcgcgctgataagccgctggttggtactggtatggaacgtgctgttgccgttgactccggtgtaactgcggtagctCGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTc > 2:499118‑M2/119‑150 (MQ=255) atgggtgcgaacatgcaacgtcaggccgttccgactctgcgcgctgataagccgctggttggtactggtatggaacgtgctgttgccgttgactccggtgtaactgcggtagctCGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGt < 2:2456299‑M2/36‑1 (MQ=255) ggtgcgaacatgcaacgtcaggccgttccgactctgcgcgctgataagccgctggttggtactggtatggaacgtgctgttgccgttgactccggtgtaactgcggtagctCGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATc < 1:550875‑M2/39‑1 (MQ=255) 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gccgttgactccggtgtaactgcggtagctCGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCt > 1:988342‑M2/31‑150 (MQ=255) gccgttgactccggtgtaactgcggtagctCGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCt < 1:2502534‑M2/120‑1 (MQ=255) gccgttgactccggtgtaactgcggtagctCGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCt < 1:2982764‑M2/120‑1 (MQ=255) ccgttgactccggtgtaactgcggtagctCGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTa > 1:1742232‑M2/30‑150 (MQ=255) ccgttgactccggtgtaactgcggtagctCGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTa > 1:2339744‑M2/30‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |