| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,959,515 | T→A | 9.1% | intergenic (+70/+17) | ilvC → / ← ppiC | ketol‑acid reductoisomerase, NAD(P)‑binding/peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C (rotamase C) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,959,515 | 0 | T | A | 9.1% | 1497.4 / 69.7 | 529 | intergenic (+70/+17) | ilvC/ppiC | ketol‑acid reductoisomerase, NAD(P)‑binding/peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C (rotamase C) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (164/277); new base A (37/12); total (238/291) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.66e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 542 total aligned reads displayed.
GCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGC‑GGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACCACTTTATCGAACGCCGGAACCATCTGACCCTGGCGGAATTCACCT > NC_000913/3959366‑3959664 | gCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGC‑GGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCt < 2:10413184/150‑1 (MQ=255) cAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGC‑GGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTg < 2:10741136/150‑1 (MQ=255) cAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGC‑GGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTg < 1:2961925/150‑1 (MQ=255) ccATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGC‑GGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCACAACCCCAACCAAACCCACCCGGCGAGGGAGAAAAAACCAAAGGCCATATCCGGgag > 2:2448242/1‑150 (MQ=255) cATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGC‑GGGTTAAGTGCGCGCTGAGGCCCACACCCCCACCCACTACCACCGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCGTCTCCTGgaga > 1:5626896/1‑150 (MQ=255) aTGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGC‑GGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGaa < 2:2597496/150‑1 (MQ=255) aTGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGC‑GGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGaa < 1:4739918/150‑1 (MQ=255) cGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGC‑GGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCTCAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGc < 2:9325630/150‑1 (MQ=255) cGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGC‑GGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGc < 2:8633467/150‑1 (MQ=255) aTTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATAGGACAGCTATGAAACGGAGTGCTGTTGC‑GGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACCGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCt < 2:4423126/150‑1 (MQ=38) tGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGC‑GGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTg < 1:2100504/150‑1 (MQ=255) aGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGC‑GGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCGCACCCCGACCCACTCCCCCAGGGAGAGGGAGAAAAAACACAAGGCCTTCTCCGGGCGAAGGCCTTggt > 1:2462613/1‑148 (MQ=255) aggtaggtAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGC‑GGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTAtt < 2:9838559/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |