| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,181,279 | G→T | 14.7% | R12L (CGT→CTT) | rpoB → | RNA polymerase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,181,279 | 0 | G | T | 14.7% | 2478.8 / inf | 801 | R12L (CGT→CTT) | rpoB | RNA polymerase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (401/282); new base T (67/51); total (468/333) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 811 total aligned reads displayed.
TGATAGCAACAGGCATTGCGGAAAGTGTTCCATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCCGTATTCCCGATTCAGAGCT > NC_000913/4181130‑4181428 | gATAGCAACAGGCATTGCGGAAAGTGTTCCATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGTGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGt > 1:9228081/1‑150 (MQ=255) gATAGCAACAGGCATTGCGGAAAGTGTTCCATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGt < 1:42424/150‑1 (MQ=255) gATAGCAACAGGCATTGCGGAAAGTGTTCCATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGt > 2:1033863/1‑150 (MQ=255) aTAGCAACAGGCATTGCGGAAAGTGTTCCATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTa < 2:3932379/150‑1 (MQ=255) aCAGGCATTGCGGAAAGTGTTCCATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTCACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGAtt > 2:8523266/1‑150 (MQ=255) cAGGCATTGCGGAAAGTGTTCCATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGAttt > 1:8176697/1‑150 (MQ=255) ggCATTGCGGAAAGTGTTCCATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTg < 1:9923933/150‑1 (MQ=255) ggCAGTGCGGACAGTGGTCCATGGTCCGGTCAACAAAATAGGGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACGCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTg < 2:260520/150‑1 (MQ=255) 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aaaGTGTTCCATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCTTAAGGATTTTGGTAAACGTcc > 1:2200337/1‑150 (MQ=255) aaaGTGTTCCATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTcc < 2:408080/150‑1 (MQ=255) tCCATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCTTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGtt > 2:703380/1‑150 (MQ=255) tCCATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGtt > 1:6734949/1‑150 (MQ=255) cATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCt > 2:6902970/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |