| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,304,688 | A→G | 9.9% | intergenic (+295/+420) | eco → / ← mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,304,688 | 0 | A | G | 9.9% | 532.5 / 40.7 | 237 | intergenic (+295/+420) | eco/mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (72/124); new base G (5/17); total (78/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
ACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATC > NC_000913/2304539‑2304837 | aCAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCa > 1:4860896/1‑150 (MQ=35) aaGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAg > 2:4531578/1‑150 (MQ=34) aaGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAg > 2:9550065/1‑150 (MQ=34) aaGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGAGGCGACGCTGGCGCGTCGTCTCAGGCCTACACCGCGGGGACGTGCTC‑CACCCCGGAGGGCGGAGTAGGCGGGGCCGCCGCAGCCGACATCGAACGCCCGAg > 2:6457283/1‑150 (MQ=11) aGGCGGTCCCGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTGATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGc < 2:4815970/150‑1 (MQ=21) aGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGc < 1:167923/150‑1 (MQ=34) aGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGc < 2:9027323/150‑1 (MQ=34) gCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCg > 2:871547/1‑150 (MQ=34) gCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGACCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCg > 2:7932992/1‑150 (MQ=17) cGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTTAAGTGCTC‑CACCCCGTTGGTCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCgg < 1:4064575/150‑1 (MQ=255) cGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCgg < 2:9339807/150‑1 (MQ=34) cGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCgg < 1:8273026/150‑1 (MQ=34) cGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCgg < 2:8543209/150‑1 (MQ=34) gTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGtt > 2:7773814/1‑150 (MQ=34) tCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTg < 1:10646802/150‑1 (MQ=33) tCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTg > 1:6397481/1‑150 (MQ=33) cACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTATGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGc < 1:7711053/150‑1 (MQ=17) aCGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGTGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGcc < 2:4626797/150‑1 (MQ=17) 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ccgcATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGa < 1:5975253/150‑1 (MQ=32) ccgcATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGa < 1:2539376/150‑1 (MQ=32) cgcATCCGACATCGAACGCCCGTGCCTGTTGACTGTTGCGTGGCTGTCGCGTCTTTTCTGGCCTACTCCGCTGTTAAGTTCTC‑CACCCCGTAGGTCGGAAAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGAt < 1:2052195/150‑1 (MQ=11) cgcATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGAt < 2:4121347/150‑1 (MQ=32) gcATCCGAGATCCAACGCCCGAGCCGGTGGCCTGATTCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATg < 2:7034308/150‑1 (MQ=255) 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aTCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCTGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGcgcc < 2:1059345/150‑4 (MQ=17) ccAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGAt < 1:230253/138‑1 (MQ=32) ccAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGAt > 2:230467/1‑138 (MQ=32) cAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcgc < 2:6758836/150‑1 (MQ=32) cAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCGAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcgc > 2:5108253/1‑150 (MQ=17) aaCGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGtt < 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ggTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCCAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGt < 2:4692645/150‑1 (MQ=37) ttattccgcAACCGACATCCAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGATGTGCTCCACCCCGTAGGTTTGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTg < 1:2744992/145‑1 (MQ=11) tACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGc < 2:6397481/150‑1 (MQ=37) caCGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGc < 2:7296283/149‑1 (MQ=18) aCGCCGCATCCGACATCTAACGCCCCAGCCGGTTGCCTGATGCGACTCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGcc < 1:6056841/150‑1 (MQ=255) ccgcATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGa < 2:8582112/150‑1 (MQ=37) ccgcATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATAAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTACACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGa > 1:3464848/1‑150 (MQ=255) cgcATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGAt < 2:5509358/150‑1 (MQ=37) cgcATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGACAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGAt < 1:6959191/150‑1 (MQ=255) gcATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACTCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATg < 1:5051891/150‑1 (MQ=255) gACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGACTACACCGCTGAGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGAGGTTACGCCGCATACGACATCAAACGAACGAGCCGGTTGCCTGATGATACGc > 2:10524156/1‑150 (MQ=11) cATCTAACGCCCTAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTTTTTTGAGGCCTTCACGGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATATGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCAAACGACCTAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTg < 1:4679518/150‑1 (MQ=11) tCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgc > 2:2376414/1‑150 (MQ=37) cTACCGCCCGCGCCGTGTGCCAGATGCGACGCTGGCGCGACTTATCAGGCCTACACCGCTGTGACGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcg < 2:5949650/150‑1 (MQ=11) cTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcg < 1:6808663/150‑1 (MQ=37) cTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCCCTACACCGCTGAGCAGTGCTCCACCCCGTAGGTAGGAGAAGGCGGTTACGCCGCATCCTACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCAGATGCGACGCTGgcg > 2:7337389/1‑150 (MQ=11) tAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcgc < 1:3533253/150‑1 (MQ=37) tAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCCCAACAACGCGGGGAGGTCCTCCACCCCGTAGGTTGGATAGGGCGGTTACGCCGCATCCGTCGTCGCCCGACCAAGCCGGTTGCCTGATGCGGCGCGGgcgc > 2:5442594/1‑150 (MQ=11) aCGCCCTAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGTATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGt < 1:335170/150‑1 (MQ=255) cGCCCGAGCCTGTTGCCTGCTGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTc < 2:10120637/150‑1 (MQ=11) cccAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCCCTACACCGCTGTGAGGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGACCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCGGGCGCGTCtg > 2:1308253/1‑149 (MQ=255) ccAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTcagg < 1:10030391/150‑4 (MQ=37) cAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAt > 1:8992559/1‑150 (MQ=37) aaGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATc > 1:6887310/1‑150 (MQ=17) aaGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACACCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCAAACGACCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATc > 2:2644283/1‑150 (MQ=12) aaGCCGGTTGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATc > 1:8793897/1‑150 (MQ=17) | ACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTC‑CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATC > NC_000913/2304539‑2304837 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |