| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,904,212 | G→A | 100% | intergenic (+838/+535) | ygcE → / ← queE | putative kinase/7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase; queosine biosynthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,904,212 | 0 | G | A | 98.9% | 3116.5 / 5.3 | 871 | intergenic (+838/+535) | ygcE/queE | putative kinase/7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase; queosine biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/7); new base A (449/396); total (456/415) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 879 total aligned reads displayed.
TCGTCAGGCTCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCTTTT > NC_000913/2904063‑2904358 | gTCAGGCTCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCGGTTTTCGCACATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGacg > 2:7069631/1‑150 (MQ=255) cTCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGa < 1:5369853/150‑1 (MQ=255) tCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGaa > 1:5937918/1‑150 (MQ=255) 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tttATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACAt < 1:4723940/150‑1 (MQ=255) tCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCTAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGACCACATTCCg > 1:1611027/1‑150 (MQ=255) | TCGTCAGGCTCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCTTTT > NC_000913/2904063‑2904358 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |