| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | 100% | insB1–insA | insB1, insA | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1978503 | 1979278 | 776 | 69 [0] | [0] 69 | insB1–insA | insB1,insA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 60 (0.710) | 34/240 | NT | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB1 | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/IS1 transposase B |
| ? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein | |||||
CGGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCAT > NC_000913/1979140‑1979414 | tctttacacttatcttagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgt < 1:232219‑M2/1‑1 (MQ=255) ttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgtata > 1:968152‑M2/137‑140 (MQ=255) ttacacgtatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgggatgcagatcacacacaacactcaattacttaacataaatgtatc > 1:1378909‑M2/137‑139 (MQ=255) acacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAg < 1:1521201‑M2/6‑1 (MQ=255) acacttatctaagatttttcctaaaccgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAg < 1:1673385‑M2/6‑1 (MQ=255) cacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGt < 1:772696‑M2/7‑1 (MQ=255) cacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGt < 1:772662‑M2/7‑1 (MQ=255) cacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGt < 2:740841‑M2/7‑1 (MQ=255) cacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGt < 2:740842‑M2/7‑1 (MQ=255) cttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCa < 1:176334‑M2/9‑1 (MQ=255) tttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattactatacataaatgTATAAGTCATACtgttgttttg > 2:759104‑M2/119‑140 (MQ=255) ttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTgg > 2:967672‑M2/118‑140 (MQ=255) ttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTgg > 2:966794‑M2/118‑140 (MQ=255) cctacctcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGgt < 2:212592‑M2/25‑1 (MQ=255) cctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGgt < 2:1639440‑M2/25‑1 (MQ=255) cctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGgt < 2:1348573‑M2/25‑1 (MQ=255) ctcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTaaaaa > 1:777795‑M2/96‑140 (MQ=255) ctcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTaaaaa > 1:777688‑M2/96‑140 (MQ=255) gtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTTTTAAAAAGtt > 2:677110‑M2/93‑140 (MQ=255) gtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGtt > 1:782412‑M2/93‑140 (MQ=255) gtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATGTCAATCTGTTAAAAAGtt > 2:6194‑M2/93‑140 (MQ=255) actacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGttttt > 1:1111027‑M2/90‑140 (MQ=255) tacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcg > 2:138085‑M2/88‑140 (MQ=255) tacacgcacatacaacggaggggggctgcgaatttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcg < 2:873836‑M2/53‑1 (MQ=255) acatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTAttt > 1:1197750‑M2/81‑111 (MQ=255) acatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTAttt < 2:1197750‑M2/31‑1 (MQ=255) tacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTagc > 1:199688‑M2/78‑140 (MQ=255) tacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgaagcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTagc > 2:1443074‑M2/78‑140 (MQ=255) gaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCaaa > 2:869603‑M2/71‑140 (MQ=255) gaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCaaa > 2:1139224‑M2/71‑140 (MQ=255) gaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCaaa > 1:160800‑M2/71‑140 (MQ=255) gaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCaaa > 1:1268749‑M2/71‑140 (MQ=255) ggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCaaaaa > 1:1256597‑M2/69‑140 (MQ=255) ggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattactaaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCtaaaa > 1:1688911‑M2/69‑140 (MQ=255) gggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCaaaaa > 1:413228‑M2/68‑139 (MQ=255) gggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCaaaaa > 1:1022469‑M2/68‑139 (MQ=255) gggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCaaaaa < 2:1022469‑M2/72‑1 (MQ=255) gggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCaaaaa < 2:413228‑M2/72‑1 (MQ=255) gggggcagcgatatacaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAACAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAAt < 2:1242454‑M2/73‑1 (MQ=255) ctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAAc < 2:2881‑M2/78‑1 (MQ=255) aataatgagtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacatacatgTATATGTCATTCTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCg < 2:1555463‑M2/89‑1 (MQ=255) aataaagcgttatgcagatcacacaaaacactcaattacataacataaattTATAACTCATACTATTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTACGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCg < 2:284753‑M2/89‑1 (MQ=255) taatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTATAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAATTGAAACAGGAATAATAGaa > 1:398753‑M2/50‑140 (MQ=255) taatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGaa > 1:399028‑M2/50‑140 (MQ=255) cgtgatgcagatcacacaaatctctcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAATATTGAAACAGGAATAATCGAAATggg > 1:176420‑M2/45‑140 (MQ=255) cgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATggg < 1:1653023‑M2/96‑1 (MQ=255) tgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGtt > 1:228294‑M2/40‑140 (MQ=255) gatcacacacaacactcacttccttatcataaatgTCTAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTTGCAAGCAAAAATGTAACAGGAATTATCGAAATGGGATGTTgcgc < 2:1301213‑M2/105‑1 (MQ=255) gatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTgcgc < 1:995185‑M2/105‑1 (MQ=255) atcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGca > 1:1065796‑M2/35‑140 (MQ=255) cacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGcaca < 1:30932‑M2/108‑1 (MQ=255) cacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGcaca < 1:1306184‑M2/108‑1 (MQ=255) cacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGt < 1:636258‑M2/110‑1 (MQ=255) acaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTc > 2:756943‑M2/30‑140 (MQ=255) acaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTGTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAAGGGGATGTTGCGCACAGTc > 2:180006‑M2/30‑140 (MQ=255) aacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCaaaa > 2:1110331‑M2/26‑140 (MQ=255) aacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCaaaa > 2:74804‑M2/26‑140 (MQ=255) actcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATaa > 1:57329‑M2/23‑140 (MQ=255) actcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATaa > 1:1398240‑M2/23‑140 (MQ=255) ttacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAGTGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCAcc < 1:221888‑M2/124‑1 (MQ=255) ttacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAGTGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCAcc < 1:220209‑M2/124‑1 (MQ=255) acttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGt < 2:1456250‑M2/126‑1 (MQ=255) acttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGt < 2:832169‑M2/126‑1 (MQ=255) cttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAATAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTa > 1:962333‑M2/14‑140 (MQ=255) ttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTaa > 2:1331551‑M2/13‑140 (MQ=255) ttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTaa > 2:274759‑M2/13‑140 (MQ=255) cataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAaataa > 2:648678‑M2/9‑140 (MQ=255) aatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTATAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAatcat < 2:1512613‑M2/136‑1 (MQ=255) aatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAatcat < 2:862143‑M2/136‑1 (MQ=255) | CGGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCAT > NC_000913/1979140‑1979414 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |