| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,205,446 | C→T | 5.6% | pseudogene (1043/1134 nt) | aaaE → | pseudogene, phage terminase protein A family, e14 prophage;Phage or Prophage Related |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,205,446 | 0 | C | T | 5.6% | 249.2 / 3.9 | 71 | pseudogene (1043/1134 nt) | aaaE | pseudogene, phage terminase protein A family, e14 prophage;Phage or Prophage Related |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/42); new base T (2/2); total (27/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 | |||||||||||
CGGGGCGCTTTCATCATGACGGCAATCCCATCATGACCTGGTGTATCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGACACGCTGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCGCTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCTGGTG > NC_000913/1205308‑1205578 | cGGGGCGCTTTCATCATGACGGCAATCCCATCATGACCTGGTGTATCGGCAACGTGGTCGGCATATCCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGTAGCCCGTCATGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTgcg < 2:1585797/140‑1 (MQ=255)cGGGGCGCTTTCATCATGACGGCAATCCCATCATGACCTGGTGTATCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTgcg < 2:1348491/140‑1 (MQ=255)cGGGGCGCTTTCATCATGACGGCAATCCCATCATGACCTGGTGTATCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTgcg < 2:1348565/140‑1 (MQ=255)cGGGGCGCTTTCATCATGACGGCAAGCCCATCATGACCTGGTGTATCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACACAATCGATGGTGCAGTTgcg < 1:1109854/140‑1 (MQ=255) ggggCGCTTTCATCATGACGGCAATCCCATCATGACCTGGTGTATCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAATGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTgcgc > 2:1335081/1‑140 (MQ=255) gcgcTTTCATCATGACGGCAATCCCATCATGACCTGGTGTATCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGa > 2:891554/1‑140 (MQ=255) atcatGACGGCAATCCCATCATGACCTGGTGTATCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCg < 1:59607/140‑1 (MQ=255) atcatGACGGCAATCCCATCATGACCTGGTGTATCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCg < 1:1349314/140‑1 (MQ=255) gACGGCAATCCCATCATGACCTGGTGTATCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTgg < 2:762319/140‑1 (MQ=255) gACGGCAATCCCATCATGACCTGGTGTATCGGCAACGTGGTCGGCAAAACAATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTgg < 1:985692/140‑1 (MQ=255) aCGGCAATCCCATCATGACCTGGTGTATCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGc > 1:456690/1‑140 (MQ=255) cAATCCCATCATGACCTGGTGTATCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCagag > 2:255747/1‑140 (MQ=255) cAATCCCATCATGACCTGGTGTATCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCagag > 2:254775/1‑140 (MQ=255) aTCCCATCATGACCTGGTGTATCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGcc < 1:283892/140‑1 (MQ=255) ccttcatGTCCTGGTGTTTCGGCAACGTGGTCGGCAAATCCATTCGGGGTTACGATTATGTGGTGTAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAGCAAAATCGTTGGTGCAGTTGCGCTGATTTTGGCGGTTGGCAGTGCCAtt < 2:25828/137‑2 (MQ=255) ccATCATGACCTGGTGTATCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATg < 2:25744/140‑1 (MQ=255) ccATCATGACCTGGTGTATCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATg < 2:1146500/140‑1 (MQ=255) atGACCTGGTGTATCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTa < 2:1663188/140‑1 (MQ=255) tGACCTGGTGTATCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTAc > 2:787510/1‑140 (MQ=255) gtgtATCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGagaaag > 2:589784/1‑140 (MQ=255) gtgtATCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGagaaag > 2:402796/1‑140 (MQ=255) aTCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAagaaga > 2:367312/1‑140 (MQ=255) tCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGTCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGac > 2:450634/1‑140 (MQ=255) tCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGac > 1:1518364/1‑140 (MQ=255) cAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGACACGc > 2:1094462/1‑140 (MQ=255) cAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGACACGc > 2:1094164/1‑140 (MQ=255) aaCGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCCGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGACACGCt > 1:228763/1‑140 (MQ=255) aaCGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGACACGCt > 1:260154/1‑140 (MQ=255) aaCGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGACACGCt > 1:260173/1‑140 (MQ=255) aCGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGACACGCTg > 2:1059334/1‑140 (MQ=255) gTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGACACGCTGTc < 1:1073655/140‑1 (MQ=255) gTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGACACGCTGTc < 1:1073690/140‑1 (MQ=255) gTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGACACGCTGTc < 2:383384/140‑1 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1:88294/140‑1 (MQ=255) ccATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGACACGCTGTCTGATCACATTGAg < 2:882337/140‑1 (MQ=255) cATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGACACGCTGTCTGATCACATTTAGt < 2:22563/140‑1 (MQ=255) ggTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGACACGCTGTCTGATCACATTGAGTCCTACgg > 1:1560343/1‑140 (MQ=255) tgatgTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGACACGCTGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCcgct < 2:840339/140‑1 (MQ=255) tgatgTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGACACGCTGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCcgct < 2:528007/140‑1 (MQ=255) tgatgTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGACACGCTGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCcgct < 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gatgTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAATATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTTCGAGAAAGAAGACACGCTGGCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCggctc > 1:1678459/1‑140 (MQ=255) gatgTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGACACGCTGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCcgctc > 1:1678211/1‑140 (MQ=255) atgTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACTATATCGTGGGTGCTGTTGCGCTGATTAGGGCGGTTGGCAGAGCCCTGCTGTACGAGAAAGTAGACACGCTGTCTGATCGGATTGAGTCCTACGGGATCcgctcg > 2:492855/1‑140 (MQ=255) atgTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGTGCTGATTATGGCg > 2:293839/1‑68 (MQ=255) atgTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGTGCTGATTATGGCg > 2:1142377/1‑68 (MQ=255) atgTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGTGCTGATTATGGCg < 1:293839/68‑1 (MQ=255) atgTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGTGCTGATTATGGCg < 1:1142377/68‑1 (MQ=255) 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2:446835/1‑140 (MQ=255) cGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGACACGCTGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCGCTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGcc < 2:493947/140‑1 (MQ=255) gTGCAGTTGCGCTGATTATGGTGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGACACGCTGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCGCTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCtgg < 1:1209674/140‑1 (MQ=255) gTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGACACGCTGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCGCTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCtgg < 1:1188322/140‑1 (MQ=255) gTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGACACGCTGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCGCTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCtgg < 1:1188323/140‑1 (MQ=255) gTGCAGTTGCGCTGATGATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGCGAAAGCAGACACGCTGTCTGCTCACAGTGAGTCCTACGGGATCCGCGCGCTTTAACTGAGGTAATTATGATCAGGCTGATTCTCGCGCCTCtgg < 2:1356687/140‑1 (MQ=255) gCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGACACGCTGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCGCTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCtggtg < 1:1090054/140‑1 (MQ=255) gCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGACACGCTGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCGCTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCtggtg < 1:1089890/140‑1 (MQ=255) | CGGGGCGCTTTCATCATGACGGCAATCCCATCATGACCTGGTGTATCGGCAACGTGGTCGGCAAAACCATTCCGGGTAACGATGATGTGGTGAAGCCCGTCAAGGAGCAGGCGGAAAACAAAATCGATGGTGCAGTTGCGCTGATTATGGCGGTTGGCAGAGCCATGCTGTACGAGAAAGAAGACACGCTGTCTGATCACATTGAGTCCTACGGGATCCGCTCGCTTTAACTGAGGTAATTATGATCATGCTGATTCTCGCGCCTCTGGTG > NC_000913/1205308‑1205578 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |