Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,109,488 | G→T | 8.2% | L33I (CTT→ATT) | wzxB ← | putative polisoprenol‑linked O‑antigen transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,109,488 | 0 | G | T | 8.2% | 163.3 / 2.2 | 55 | L33I (CTT→ATT) | wzxB | putative polisoprenol‑linked O‑antigen transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/29); new base T (3/2); total (24/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.43e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGCTTTGGCAATACTCTGAGTTGCTGTGAGATTGAAACCATATTCAACAAACATTATCATATATAGCATAGTCGCTTGGCAAAAACCGAATATACCGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGATAATTTATTCGTATTCATGCAATTAATTTTAATCTGATAAGCTCATCTAACGTAAAG > NC_000913/2109363‑2109623 | tgctTTGGCAATACTCTGAGTTGCTGTGAGATTGAAACCATATTCAACAAACATTATCATATATAGCATAGTCGCTTGGCAAAAACCGAATATACCGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTaa > 2:1164925/1‑140 (MQ=255) tttGGCAATACTCTGAGTTGCTGTGAGATTGAAACCATATTCAACAAACATTATCATATATAGCATAGTCGCTTGGCAAAAACCGAATATACCGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCa < 2:167404/140‑1 (MQ=255) aaTTCTCTGAGTTGCTGTGAGATTGAAACCATATTCAACAAACATTATCATATATAGCATAGTCGCTTGGCAAAAACCGAATATACCGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTa < 1:158764/140‑1 (MQ=255) ctGAGTTGCTGTGAGATTGAAACCATATTCAACAAACATTATCATATATAGCATAGTCGCTTGGCAAAAACCGAATATACCGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGAt < 2:1047096/140‑1 (MQ=255) 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1:392976/140‑1 (MQ=255) ataGCATAGTCGCTTGGCAAAAACCGAATATACCGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTaaa > 1:722632/1‑140 (MQ=255) ataGCATAGTCGCTTGGCAAAAACCGAATATACCGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTaaa > 1:974317/1‑140 (MQ=255) aGCATAGTCGCTTGGCAAAAACCGAATATACCGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCGGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGa > 2:917374/1‑140 (MQ=255) aGCATAGTCGCTTGGCAAAAACCGAATATACCGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGa > 2:917896/1‑140 (MQ=255) cATAGTCGCTTGGCAAAAACCGAATATACCGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGATa > 1:2519/1‑140 (MQ=255) cATAGTCGCTTGGCAAAAACCGAATATACCGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGATa > 2:773309/1‑140 (MQ=255) tCGCTTGGCAAAAACCGAATATACCGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATGTAACGTTTCTTCTTAAAGATCATTTa > 2:1662012/1‑140 (MQ=255) tCGCTTGGCAAAAACCGAATATACCGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGATAATTTa > 1:408570/1‑140 (MQ=255) tCGCTTGGCAAAAACCGAATATACCGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGATAATTTa > 2:167064/1‑140 (MQ=255) cGCTTGGCAAAAACCGAATATACCGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGATAATTTAt < 2:1585053/140‑1 (MQ=255) tGGCAAAAACCGAATATACCGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGATAATTTATTCGt > 1:959816/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) cGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATTGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGATAATTTATTCGTATTCATGCAATTAATTTTa < 2:343823/140‑1 (MQ=255) cGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAACAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGATAATTTATTCGTATTCATGCAATTAATTTTa < 2:710746/140‑1 (MQ=255) cGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGATAATTTATTCGTATTCATGCAATTAATTTTa < 2:686484/140‑1 (MQ=255) cGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGATAATTTATTCGTATTCATGCAATTAATTTTa < 2:671798/140‑1 (MQ=255) cGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGATAATTTATTCGTATTCATGCAATTAATTTTa < 1:1382171/140‑1 (MQ=255) cGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGATAATTTATTCGTATTCATGCAATTAATTTTa < 2:897233/140‑1 (MQ=255) cGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGATAATTTATTCGTATTCATGCAATTAATTTTa < 1:1165177/140‑1 (MQ=255) cGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGATAATTTATTCGTATTCATGCAATTAATTTTa < 1:1121723/140‑1 (MQ=255) cGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGATAATTTATTCGTATTCATGCAATTAATTTTa < 2:1531908/140‑1 (MQ=255) cGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGATAATTTATTCGTATTCATGCAATTAATTTTa < 2:1522561/140‑1 (MQ=255) cGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGATAATTTATTCGTATTCATGCAATTAATTTTa < 2:1382816/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tgtTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGATAATTTATTCGTATTCATGCAATTAATTTTAATCTGATAAGCTCATCTaa < 2:1478356/140‑1 (MQ=255) tgtTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGATAATTTATTCGTATTCATGCAATTAATTTTAATCTGATAAGCTCATCTaa < 2:1478254/140‑1 (MQ=255) aCAATATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGATAATTTATTCGTATTCATGCAATTAATTTTAATCTGATAAGCTCATCTAACGTAAag > 1:31073/1‑140 (MQ=255) aCAATATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGATAATTTATTCGTATTCATGCAATTAATTTTAATCTGATAAGCTCATCTAACGTAAag > 1:31284/1‑140 (MQ=255) aCAATATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGATAATTTATTCGTATTCATGCAAGTAATTTTAATCTGATAAGCTCATCTAACGTAAag > 1:31285/1‑140 (MQ=255) | TGCTTTGGCAATACTCTGAGTTGCTGTGAGATTGAAACCATATTCAACAAACATTATCATATATAGCATAGTCGCTTGGCAAAAACCGAATATACCGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGATAATTTATTCGTATTCATGCAATTAATTTTAATCTGATAAGCTCATCTAACGTAAAG > NC_000913/2109363‑2109623 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |