| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,753,846 | C→A | 5.8% | P81Q (CCA→CAA) | bamE → | lipoprotein component of BamABCDE OM biogenesis complex |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,753,846 | 0 | C | A | 5.8% | 298.9 / 2.8 | 85 | P81Q (CCA→CAA) | bamE | lipoprotein component of BamABCDE OM biogenesis complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/44); new base A (2/2); total (39/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
GGGAACTATCTGACCGCTAACGACGTATCCAAAATACGTGTTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGC > NC_000913/2753707‑2753982 | gggAACTATCTGACCGCTAACGACGTATCCAAAATACGTGTTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAAcc < 1:1019120/140‑1 (MQ=255) ggAACTATCTGACCGCTAACGACGTATCCAAAATACGTGTTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCa < 1:808817/140‑1 (MQ=255) aTCTGACCGCTAACGACGTATCCAAAATACGTGTTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACAAGGTCAt > 2:513412/1‑140 (MQ=255) aTCTGACCGCTAACGACGTATCCAAAATACGTGTTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACAAGGTCAt > 2:513697/1‑140 (MQ=255) tCTTACCGCTAACGACGTATCCAAAATACGTGTTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATg > 2:1452664/1‑140 (MQ=255) tCTGACCGCTAACGACGTATCCAAAATACGTGTTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCagg > 2:743120/1‑138 (MQ=255) tGACCGCTAACGACGTATCCAAAATACGTGTTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGaa > 1:512647/1‑140 (MQ=255) gACCGCTAACGACGTATCCAAAATACGTGTTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAg > 1:1186358/1‑140 (MQ=255) cTAACGACGTATCCAAAATACGTGTTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTa > 1:816881/1‑140 (MQ=255) cTAACGACGTATCCAAAATACGTGTTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTa > 1:1530855/1‑140 (MQ=255) cTAACGACGTATCCAAAATACGTGTTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTa > 2:1333088/1‑140 (MQ=255) cTAACGACGTATCCAAAATACGTGTTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTa > 1:817151/1‑140 (MQ=255) aaCGACGTATCCAAAATACGTGTTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAAc > 2:389651/1‑140 (MQ=255) gTATCCAAAATACGTGTTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCa < 1:618460/140‑1 (MQ=255) acaaTACGTGTTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgct < 2:1102700/138‑1 (MQ=255) aaaaTACGTGTTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgct < 1:65481/140‑1 (MQ=255) gtgtTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAacgctgacgctg < 1:606855/140‑1 (MQ=255) tgtTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAAcgctgacgctga > 2:222086/1‑140 (MQ=255) tgtTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAAcgctgacgctga < 1:1291476/140‑1 (MQ=255) gCATGACGCTACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATACATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCttt < 2:1550811/140‑1 (MQ=255) gCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCTTTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCttt < 2:1550894/140‑1 (MQ=255) gCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCttt < 2:1168658/140‑1 (MQ=255) gCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCttt < 1:389651/140‑1 (MQ=255) gCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCttt < 2:1550763/140‑1 (MQ=255) gCAAGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATGCATTTGGTACGAATACCTGGTTATATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACTCTGACGCTGACCttt < 2:1307684/140‑1 (MQ=255) aCGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAg < 2:1159398/140‑1 (MQ=255) aCGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAg < 2:1575003/140‑1 (MQ=255) aCGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCACTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAg < 1:920057/140‑1 (MQ=255) gCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTGGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTa < 2:552800/140‑1 (MQ=255) acaacaaGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTTGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCg < 2:736314/140‑1 (MQ=255) acaacaaGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCg < 1:88098/140‑1 (MQ=255) acaacaaGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCg < 2:1379941/140‑1 (MQ=255) acaacaaGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCg < 2:734388/140‑1 (MQ=255) acaacaaGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCg < 2:1063433/140‑1 (MQ=255) aaGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtgtg < 1:86096/140‑1 (MQ=255) aaGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGgtgtg < 1:1446895/140‑1 (MQ=255) ctaaagCAATGGGAACACCGATTAAGTAAGATCCAAAACGTAAGAATACCAGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGAcc > 2:1257290/6‑140 (MQ=255) cGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGAcc > 2:1343207/1‑140 (MQ=255) cGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAata < 2:1448301/140‑1 (MQ=255) cATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATAtt < 1:1204566/140‑1 (MQ=255) cATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATAtt < 1:427347/140‑1 (MQ=255) cATTGGGTACACCGCTGATGTCAGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATAtt < 1:139053/140‑1 (MQ=255) ggTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATaa < 1:215805/140‑1 (MQ=255) ggTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATaa > 2:815114/1‑140 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aTGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCt < 2:816881/140‑1 (MQ=255) aTGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCt < 2:817151/140‑1 (MQ=255) aTGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCt < 1:1635950/140‑1 (MQ=255) cGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTg > 1:1422712/1‑140 (MQ=255) agccATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTTACTGGAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGGGGt > 2:178920/3‑140 (MQ=255) aTCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGt > 1:541923/1‑140 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> 2:931744/1‑140 (MQ=255) tGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGAc > 1:1368325/1‑140 (MQ=255) tGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGAc > 2:1587128/1‑140 (MQ=255) tGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTAATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGAc > 2:432561/1‑140 (MQ=255) tGTCTTCCGCCAGAAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGATGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGAc > 1:1188563/1‑140 (MQ=255) tCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTaa > 1:1566913/1‑140 (MQ=255) gCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGt < 2:1422712/140‑1 (MQ=255) aaCCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGc < 1:1442405/140‑1 (MQ=255) | GGGAACTATCTGACCGCTAACGACGTATCCAAAATACGTGTTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGC > NC_000913/2753707‑2753982 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |