| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,244,970 | C→A | 6.8% | intergenic (‑229/‑254) | uxaC ← / → exuT | uronate isomerase/hexuronate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,244,970 | 0 | C | A | 6.8% | 267.9 / 4.2 | 81 | intergenic (‑229/‑254) | uxaC/exuT | uronate isomerase/hexuronate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/30); new base A (2/4); total (47/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAACCGGTACGGAAGCCGAATTAGCACGAAACTTTCATGGC > NC_000913/3244836‑3245108 | gAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTa < 2:1610751/140‑1 (MQ=255) aGTTAGATCACAAAACGAAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTTGTATATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTaa < 2:812854/140‑1 (MQ=255) aGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAATATTACTCTCAACGTGGTTAATCTCGCTGCACGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTaa < 2:812918/140‑1 (MQ=255) tAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGAc > 1:1186324/1‑140 (MQ=255) tAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGAc > 1:1411668/1‑140 (MQ=255) aaaCGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACa < 1:276938/140‑1 (MQ=255) cGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGt < 2:1147546/140‑1 (MQ=255) ctctCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGc < 1:1375708/140‑1 (MQ=255) aaGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACTAGTTATCTTTCTGCCGTCGCTAATCa < 2:600934/140‑1 (MQ=255) aaGTGGTAAATCTCGCAGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCa < 2:600970/140‑1 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(MQ=255) tGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCACTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACATTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCAGAttcattca < 2:319709/140‑1 (MQ=255) tGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCACTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACATTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCAGAttcattca < 2:320348/140‑1 (MQ=255) tGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCACTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACATTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCAGAttcattca < 2:319982/140‑1 (MQ=255) ggCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGACTGCAAATTGCCGATtcattcat > 1:926331/1‑140 (MQ=255) gCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCGACATTTGTGATGGCTCTCAGCTTTTTTAGTTGTATGTCAAGTTATCTTTCTGGCGTCGCAAATCATAAGTCGTGGGAATGCAAATTGACGTTTcattcatt > 2:1057807/1‑140 (MQ=255) gCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACGTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATATTTCTGCCGTCGCAAATCATAATTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTcattcatt > 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< 1:702373/140‑1 (MQ=255) gTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAAc < 1:41186/140‑1 (MQ=255) gTCCATACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAAc < 2:585148/140‑1 (MQ=255) ccTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAACCgg > 2:891263/1‑140 (MQ=255) ccTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAACCgg > 1:1580508/1‑140 (MQ=255) ccTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAACCgg > 2:891419/1‑140 (MQ=255) 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cacaTTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAACCGGTACGGAAGCCGAAt > 2:165320/1‑140 (MQ=255) ttGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAACCGGTACGGAAGCCGAATTAGCa > 2:379944/1‑140 (MQ=255) ttGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAACCGGTACGGAAGCCGAATTAGCa > 1:625888/1‑140 (MQ=255) gtgATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAACCGGTACGGAAGCCGAATTAGCACg > 2:338140/1‑140 (MQ=255) gtgATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAACCGGTACGGAAGCCGAATTAGCACg > 1:1540190/1‑140 (MQ=255) tgATGGCTCTCACCTTTTTAAGTTGTATTACATGTTATCTTTTTTCCGTCGCAAATCATATGTCGACTGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAACCTGTACGGTAGCCGATTTAGCACGa < 2:255928/140‑1 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GAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAACCGGTACGGAAGCCGAATTAGCACGAAACTTTCATGGC > NC_000913/3244836‑3245108 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |