| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,993,981 | C→A | 5.6% | D27Y (GAC→TAC) | cyaY ← | iron‑dependent inhibitor of iron‑sulfur cluster formation; frataxin; iron‑binding and oxidizing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,993,981 | 0 | C | A | 5.6% | 298.1 / 3.0 | 89 | D27Y (GAC→TAC) | cyaY | iron‑dependent inhibitor of iron‑sulfur cluster formation; frataxin; iron‑binding and oxidizing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/59); new base A (2/3); total (27/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
GTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGAAATTCACTGTCGTTCATTGTTGTATCCTGTTTTTAAGTGATGGCGGCAGTATAGCGGCATGGGGTCAGGGCTTCAAA > NC_000913/3993844‑3994119 | gTCATAATGGTAGCCGCCATGATTGTTTGCCAGCCATACCTGGTGCTGCGGGTCCTGTCGGTTGTTATTGATTTTGCTGCCATGCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGTTTTCGCAGTCGATTTCGCTGTctc < 2:196335/140‑3 (MQ=255)gTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGc < 2:1418994/140‑1 (MQ=255)gTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGc > 1:608110/1‑140 (MQ=255)gTCAAAATGGTAGCCGCCATGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTAGc > 1:743478/1‑140 (MQ=255)gTCAAAATGGTAGCCGCCATGTTTGGTAGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTAGc > 1:290504/1‑140 (MQ=255) tGGTAGCCGCCGTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCa < 1:848580/140‑1 (MQ=255) tGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCa < 1:643494/140‑1 (MQ=255) ggTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAg < 1:1090964/140‑1 (MQ=255) ggTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTAAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAg < 2:153382/140‑1 (MQ=255) tGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCg < 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tGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCaa < 2:1505363/140‑1 (MQ=255) cagccaTACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATgg < 1:883474/140‑1 (MQ=255) aTACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATATTGATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGTTTTCTCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGc < 2:1368651/140‑1 (MQ=255) aTACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGc < 2:754619/140‑1 (MQ=255) aTACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGc < 2:84612/140‑1 (MQ=255) aTACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTAGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGc < 1:354708/140‑1 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(MQ=255) cGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGAAATTCACTGTCGTTCATTGTTGTATCCTGTTTTTAAGTGATGGCGGCAGTATAGCGGCAt < 1:1583302/140‑1 (MQ=255) cGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGAAATTCACTGTCGTTCATTGTTGTATCCTGTTTTTAAGTGATGGCGGCAGTATAGCGGCAt < 1:1625810/140‑1 (MQ=255) tCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGAAATTCACTGTCGTTCATTGTTGTATCCTGTTTTTAAGTGATGGCGGCAGTATAGCGGCATGGGGt < 2:1019466/140‑1 (MQ=255) gATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGAAATTCACTGTCGTTCATTGTTGTATCCTGTTTTTAAGTGATGGCGGCAGTATAGCGGCATGGGGTCa < 1:1660686/140‑1 (MQ=255) cTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGAAATTCACTGTCGTTCATTGTTGTATCCTGTTTTTAAGTGATGGCGGCAGTATAGCGGCATGGGGTCAGGGCTTc < 1:1460681/140‑1 (MQ=255) tGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGTTGAAATTCACTGTCGTTCATTGTTGTATCCTGTTTTTAAGTGATGGCGGCAGTATAGCGGCATGGGGTCAGGGCTTCa < 2:470131/140‑1 (MQ=255) tGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGAAATTCACTGTCGTTCATTGTTGTATCCTGTTTTTAAGTGATGGCGGCAGTATAGCGGCATGGGGTCAGGGCTTCa > 2:753392/1‑140 (MQ=255) tGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGAAATTCACTGTCGTTCATTGTTGTATCCTGTTTTTAAGTGATGGCGGCAGTATAGCGGCATGGGGTCAGGGCTTCa > 1:1193346/1‑140 (MQ=255) tGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGAAATTCACTGTCGTTCAATGTTGTATCCTGTTTTTAAGTGATGGCGGCAGTATAGCGGCATGGGGTCAGGGGTTCa > 1:981863/1‑140 (MQ=255) tGTCGCCAGCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGAAATTCACTGTCGTTCATTGTTGTATCCTGTTTTTAAGTGATGGCGGCAGTATAGCGGCATGGGGTCAGGGCTTCa < 2:1527642/140‑1 (MQ=255) tCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGAAATTCACTGTCGTTCATTGTTGTATCCTGTTTTTAAGTTATGGCGGCAGTATATCGGCATGGGGTCAGGGCTTCaaa > 1:1644200/1‑140 (MQ=255) tCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGAAATTCACTGTCGTTCATTGTTGTATCCTGTTTTTAAGTGATGGCGGCAGTATAGCGGCATGGGGTCAGGGCTTCaaa > 1:233869/1‑140 (MQ=255) | GTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGCCAGAGTTGATCAGCCAGGCGATGAAATTCACTGTCGTTCATTGTTGTATCCTGTTTTTAAGTGATGGCGGCAGTATAGCGGCATGGGGTCAGGGCTTCAAA > NC_000913/3993844‑3994119 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |