| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,019,414 | C→A | 7.3% | S187Y (TCC→TAC) | ubiE → | bifunctional 2‑octaprenyl‑6‑methoxy‑1,4‑benzoquinone methylase/ S‑adenosylmethionine:2‑DMK methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,019,414 | 0 | C | A | 7.3% | 291.9 / 6.7 | 82 | S187Y (TCC→TAC) | ubiE | bifunctional 2‑octaprenyl‑6‑methoxy‑1,4‑benzoquinone methylase/ S‑adenosylmethionine:2‑DMK methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/35); new base A (3/3); total (44/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
TTTGGTCTGCGTAACGTCACCGACAAAGATAAAGCACTGCGTTCAATGTATCGCGTGCTGAAACCCGGCGGCCGCCTGCTGGTGCTTGAGTTCTCGAAGCCAATTATCGAGCCGCTGAGCAAAGCCTATGATGCATACTCCTTCCATGTGCTGCCGCGTATTGGCTCACTGGTCGCGAACGACGCCGACAGCTACCGTTATCTGGCAGAATCCATCCGTATGCATCCCGATCAGGATACCCTGAAAGCCATGATGCAGGATGCCGGATTCGAAAGTGT > NC_000913/4019275‑4019552 | tttGGTCTGCGTAACGTCACCGACAAAGATAAAGCACTGCGTTCAATGTATCGCGTGCTGAAACCCGGCGGCCGCCTGCTGGTGCTTGAGTTCTCGAAGCCAATTATCGAGCCGCTGAGCAAAGCCTATGATGCATACTc < 1:361358/140‑1 (MQ=255) gCGTAACGTCACCGACAAAGATAAAGCACTGCGTTCAATGTATCGCGTGCTGAAACCCGGCGGCCGCCTGCTGGTGCTTGAGTTCTCGAAGCCAATTATCGAGCCGCTGAGCAAAGCCTATGATGCATACTCCTTCCAtg < 2:770078/140‑1 (MQ=255) cGTAACGTCACCGACAAAGATAAAGCACTGCGTTCAATGTATCGCGTGCTGAAACCCGGCGGCCGCCTGCTGGTGCTTGAGTTCTCGAAGCCAATTATCGAGCCGCTGAGCAAAGCCTATGATGCATACTCCTTCCAtgt > 1:1110590/1‑140 (MQ=255) cGTAACGTCACCGACAAAGATAAAGCACTGCGTTCAATGTATCGCGTGCTGAAACCCGGCGGCCGCCTGCTGGTGCTTGAGTTCTCGAAGCCAATTATCGAGCCGCTGAGCAAAGCCTATGATGCATACTCCTTCCAtgt > 1:1110647/1‑140 (MQ=255) cGTAACGTCACCGACAAAGATAAAGCACTGCGTTCAATGTATCGCGTGCTGAAACCCGGCGGCCGCCTGCTGGTGCTTGAGTTCTCGAAGCCAATTATCGAGCCGCTGAGCAAAGCCTATGATGCATACTCCTTCCAtgt > 2:1501423/1‑140 (MQ=255) cGTAACGTCACCGACAAAGATAAAGCACTGCGTTCAATGTATCGCGTGCTGAAACCCGGCGGCCGCCTGCTGGTGCTTGAGTTCTCGAAGCCAATTATCGAGCCGCTGAGCAAAGCCTATGATGCATACTCCTTCCAtgt > 2:828699/1‑140 (MQ=255) cGTAACGTCACCGACAAAGATAAAGCACTGCGTTCAATGTATCGCGTGCAGAAACCCGGCGGCCGCCTGCTGGTGCTTGAGTTCTCGAAGCCAATTATCGAGCCGCTGAGCAAAGCCTATGATGCATACTCCTTCCAtgt > 2:1499352/1‑140 (MQ=255) aCGTCACCGACAAAGATAAAGCACTGCGTTCAATGTATCGCGTGCTGAAACCCGGCGGCCGCCTGCTGGTGCTTGAGTTCTCGAAGCCAATTATCGAGCCGCTGAGCAAAGCCTATGATGCATACTCCTTCCATGtgctg < 1:1137836/140‑1 (MQ=255) tCACCGACAAAGATAAAGCACTGCGTTCAATGTATCGCGTGCTGAAACCCGGCGGCCGCCTGCTGGTGCTTGAGTTCTCGAAGCCAATTATCGAGCCGCTGAGCAAAGCCTATGATGCTTACTCCTTCCATGTGCTGCcg < 1:1473715/140‑1 (MQ=255) tCACCGACAAAGATAAAGCACTGCGTTCAATGTATCGCGTGCTGAAACCCGGCGGCCGCCTGCTGGTGCTTGAGTTCTCGAAGCCAATTATCGAGCCGCTGAGCAAAGCCTATGATGCATACTCCTTCCATGTGCTGCcg < 1:451528/140‑1 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NC_000913/4019275‑4019552 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |