New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 4373296 = | 90 (1.050) | 99 (1.160) | 6/256 | 4.2 | 52.6% | intergenic (+134/+69) | yjeI/yjeJ | DUF4156 family lipoprotein/uncharacterized protein |
? | NC_000913 | 4374498 = | NA (NA) | noncoding (1/99 nt) | RIP329 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP329 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTT > NC_000913/4374366‑4374630 | ggTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATg > 1:1443454/1‑140 (MQ=255) attGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTaa < 1:1241549/140‑1 (MQ=255) aGCTATATAAAAATTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCTAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTAt < 1:303782/140‑1 (MQ=255) aGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTAt < 2:1584116/140‑1 (MQ=255) tatataAAAAGTAACAACATCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCg < 2:488131/140‑1 (MQ=255) tatataAAAAGTAACAACAGCAATGCATTTGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCg < 2:1122094/140‑1 (MQ=255) tatataAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCg < 1:720868/140‑1 (MQ=255) ttaAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGTATAATAAATCATTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCACAGTTTAATGACAGTATGCTGTACATGCGTTTGGTGCTCTTGACGGATGCAGCGGTAACGCCTAATCAGGcc > 2:964903/2‑140 (MQ=255) aGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTGGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTAATCCGGCCTACAGt > 2:807342/1‑140 (MQ=255) ctAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGAATAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGtt < 2:223082/139‑1 (MQ=255) cAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACATGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAAt < 2:332759/140‑1 (MQ=255) tGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCa > 1:531710/1‑140 (MQ=255) cATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAtt > 1:1297213/1‑140 (MQ=255) ataatTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGCTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCTAATCCAttcaatttc < 2:271899/140‑1 (MQ=255) ttatTAATGGTTATGCACCGGGCAAAGATTAAACTACCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAttcaatttca < 2:1338053/138‑1 (MQ=255) tcaatAAAGGTATCGCACCGCGCAACGACAAAACTTCCCAGATTACTGACCGCTTGCGGAACAAGCGTTTGTTGCTCTTGCCGTACGTAGCGTAAACGCCTTAACAGGCCTACACGTCATTGCAACTCCCctcaacttca < 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taatTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACCGTTCATTGCAAATCCAttcaatttca < 2:1203919/140‑1 (MQ=255) taatTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAttcaatttca < 2:1363654/140‑1 (MQ=255) taatTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAttcaatttca < 2:1243246/140‑1 (MQ=255) taatTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAttcaatttca < 2:316992/140‑1 (MQ=255) taatTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAttcaatttca < 2:289523/140‑1 (MQ=255) taatTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAttcaatttca < 2:287719/140‑1 (MQ=255) taatTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAttcaatttca < 2:382259/140‑1 (MQ=255) taatTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAttcaatttca < 2:399442/140‑1 (MQ=255) taatTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAttcaatttca < 2:1558422/140‑1 (MQ=255) taatTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAttcaatttca < 2:1577677/140‑1 (MQ=255) taatTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAttcaatttca < 2:174952/140‑1 (MQ=255) taatTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAttcaatttca < 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2:115135/140‑1 (MQ=255) gggCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGACTGa > 2:836091/1‑140 (MQ=255) cccAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATGCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGTTAAGCGTAGCGAATCAg > 2:624089/1‑140 (MQ=255) cccAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGCTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAg > 2:623879/1‑140 (MQ=255) cccAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAg > 1:1523696/1‑140 (MQ=255) ccAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAgg < 2:1331892/140‑1 (MQ=255) ccAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAgg > 1:230273/1‑140 (MQ=255) ccAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAgg < 2:1332008/140‑1 (MQ=255) aTGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTa < 1:111271/140‑1 (MQ=255) cTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGACTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACtt < 2:1591683/140‑1 (MQ=255) tGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGGTGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCCTTGCAATTCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCGTGATTAGCGTTGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTc < 2:742458/140‑1 (MQ=38) tGTAATTGCGTTTGTTGGTCTTGCCGGATGAAGCTTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAAATTc < 1:1398861/140‑1 (MQ=37) cTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATTCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTTCAGTTCATTGCAAATCCTTTCAATTTCATTGCAAGTGGTTGGCGTGATAAGAGTTGCGAATGAGGCAATTTTTAGGTTTATCttgactg > 2:1180694/1‑135 (MQ=255) cTTGCGTTTGTTGCTCTTGACGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTg > 2:683951/1‑140 (MQ=255) gCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGttt > 1:1583974/1‑140 (MQ=255) gCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTAATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGAAGTATGCCAGATAAGCGTATCGAATCAGTCAATTTTAATGTTTAACTTcccagata > 1:1586060/1‑135 (MQ=255) cgttgGTCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAttcaatttca > 1:205093/2‑71 (MQ=255) cgttgGTCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAttcaatttca > 1:205114/2‑71 (MQ=255) cgttgGTCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAttcaatttca < 2:205114/70‑1 (MQ=255) cgttgGTCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAttcaatttca < 2:205093/70‑1 (MQ=255) acttattGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGtt > 1:751967/6‑140 (MQ=255) atGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAttcaatttca > 1:986876/2‑63 (MQ=255) | GGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTT > NC_000913/4374366‑4374630 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |