| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,439,963 | T→C | 7.7% | N13D (AAC→GAC) | rplQ ← | 50S ribosomal subunit protein L17 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,439,963 | 0 | T | C | 7.7% | 407.0 / 18.6 | 129 | N13D (AAC→GAC) | rplQ | 50S ribosomal subunit protein L17 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (63/56); new base C (5/5); total (68/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
ATTAGCAACGCTATCAGTCTTGGCAAGAGTAATCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGC > NC_000913/3439814‑3440112 | atgaGCAACGCTATCAGTCTTGGCACGAGTACTCAGCGGCTCACCTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCGTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGACCCTGCCATATTGCGGAACCTAGCCTGGCGATGGCTGCTGtt < 2:380199/147‑1 (MQ=255) ttAGCAACGCTATCAGTCTTGGCAAGAGTAATCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTg < 2:976825/150‑1 (MQ=255) gCAACGCTATCAGTCTTGGCAAGAGTAATCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCgg > 2:544960/1‑150 (MQ=255) aCGCTATCAGTCTTGGCAAGAGAAATCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCATTCGCTTTAGGCATAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCACTGAACCTGCCATATTGCGGAACAAAGCCAGGCGAGGGCTGCTGTTGCGGTTc > 2:1061191/1‑150 (MQ=255) gCTATCAGTCTTGGCAAGAGTAATCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAg > 1:639681/1‑150 (MQ=255) tCAGTCTTGGCAAGAGTAATCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTga < 2:141816/150‑1 (MQ=255) cAGTCTTGGCAAGAGTAATCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTgac < 1:1351334/150‑1 (MQ=255) cAGTCTTGGCAAGAGTAATCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTgac < 1:1301853/150‑1 (MQ=255) aGTCTTGGCAAGAGTAATCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCAGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTgacg > 1:1146957/1‑150 (MQ=255) tCTTGGCAAGAGTAATCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTgacgac < 1:1493867/150‑1 (MQ=255) tCTTGGCAAGAGTAATCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTACCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTgacgac > 1:720463/1‑150 (MQ=255) ggCAAGAGTAATCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCAct < 1:1681687/150‑1 (MQ=255) cAAGAGTAATCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCActct > 1:1582297/1‑150 (MQ=255) 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tgctgTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGaa > 1:265621/1‑150 (MQ=255) tgctgTCGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGaa < 1:1630894/150‑1 (MQ=255) tgctgTCGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGaa < 1:1630909/150‑1 (MQ=255) tgctgTCGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGaa < 1:1630912/150‑1 (MQ=255) tgctgTCGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGaa < 1:1631003/150‑1 (MQ=255) tgTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGcc > 2:1574521/1‑150 (MQ=255) tGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGAGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGc > 2:381842/1‑150 (MQ=255) | ATTAGCAACGCTATCAGTCTTGGCAAGAGTAATCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGC > NC_000913/3439814‑3440112 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |