| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 644,042 | C→T | 6.9% | intergenic (‑75/+155) | rnk ← / ← rna | regulator of nucleoside diphosphate kinase/ribonuclease I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 644,042 | 0 | C | T | 6.9% | 292.8 / 7.7 | 87 | intergenic (‑75/+155) | rnk/rna | regulator of nucleoside diphosphate kinase/ribonuclease I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/39); new base T (4/2); total (46/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GGCGGGTTGCTCCAGCAGAATATCGATGCGTTCGGCATCCAGGTCGTTAATGATGATAGTTGGTCTGGACATTTTTACTCCATGTCGTCGGTGCTGCGAGTGTCGCAGATAAACATACCCAAAAGAAAACCCTCACCGTCAGGCGGCGAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCA > NC_000913/643896‑644191 | ggCGGGTTGCTCCAGCAGAATATCGATGCGTTCGGCATCCAGGTCGTTAATGATGATAGTTGGTCTGGACATTTTTACTCCATGTCGTCGGTGCTGCGAGTGTCGCAGATAAACATACCCAAAAGAAAACCCTCACCGTCAGGCGGCGAg < 1:467850/150‑1 (MQ=255)ggCGGGTTGCTCCAGCAGAATATCGATGCGTTCGGCATCCAGGTCGTTAATGATGATAGTTGGTCTGGACATTTTTACTCCATGTCGTCGGTGCTGCGAGTGTCGCAGATAAACATACCCAAAAGAAAACCCTCACCGTCAGGCGGCGAg < 2:1306904/150‑1 (MQ=255) gCGGGTTGCTCCAGCAGAATATCGATGCGTTCGGCATCCAGGTCGTTAATGATGATAGTTGGTCTGGACATTTTTACTCCATGTCGTCGGTGCTGCGAGTGTCGCAGATAAACATACCCAAAAGAAAACCCTCGCCGCCTGACGGTGAgg < 1:1068994/150‑1 (MQ=255) gCGGGTTGCTCCAGCAGAATATCGATGCGTTCGGCATCCAGGTCGTTAATGATGATAGTTGGTCTGGACATTTTTACTCCATGTCGTCGGTGCTGCGAGTGTCGCAGATAAACATACCCAAAAGAAAACCCTCACCGTCAGGCGGCGAgg < 1:395478/150‑1 (MQ=255) ggTTGCTCCAGCAGAATATCGATGCGTTCGGCATCCAGGTCGTTAATGATGATAGTTGGTCTGGACATTTTTACTCCATGTCGTCGGTGCTGCGAGTGTCGCAGATAAACATACCCAAAAGAAACCCCTCACCGTCAGGCGGCGAGGGtt < 2:51320/150‑1 (MQ=255) gTTGCTCCAGCAGAATATCGATGCGTTCGGCATCCAGGTCGTTAATGATGATAGTTGGTCTGGACATTTTTACTCCATGTCGTCGGTGCTGCGAGTGTCGCAGATAAACATACCCAAAAGAAAACCCTCACCGTCAGGCGGCGAGGGttt > 1:542302/1‑150 (MQ=255) tGCTCCAGCAGAATATCGATGCGTTCGGCATCCAGGTCGTTAATGATGATAGTTGGTCTGGACATTTTTACTCCATGTCGTCGGTGCTGCGAGTGTCGCAGATAAACATACCCAAAAGAAAACCCTCGCCGCCTGACGGTGAGGGttttc < 1:1329697/150‑3 (MQ=255) tGCTCCAGCAGAATATCGATGCGTTCGGCATCCAGGTCGTTAATGATGATAGTTGGTCTGGACATTTTTACTCCATGTCGTCGGTGCTGCGAGTGTCGCAGATAAACATACCCAAAAGAAAACCCTCACCGTCAGGCGGCGAGGGTTTaa < 1:1211948/150‑1 (MQ=255) cTCCAGCAGAATATCGATGCGTTCGGCATCCAGGTCGTTAATGATGATAGTTGGTCTGGACATTTTTACTCCATGTCGTCGGTGCTGCGAGTGTCGCAGATAAACATACCCAAAAGAAAACCCTCACCGGCAGGCGGCGAGGGTTTAAcg > 2:1073809/1‑149 (MQ=255) tCCAGCAGAATATCGATGCGTTCGGCATCCAGGTCGTTAATGATGATAGTTGGTCTGGACATTTTTACTCCATGTCGTCGGTGCTGCGAGTGTCGCAGATAAACATACCCAAAAGAAAACCCTCACCGTCAGGCGGCGAGGGTTTAACTc > 2:160057/1‑150 (MQ=255) cagcagAATATCGATGCGTTCGGCATCCAGGTCGTTAATGATGATAGTTGGTCTGGACATTTTTACTCCATGTCGTCGGTGCTGCGAGTGTCGCAGATAAACATACCCAAAAGAAAACCCTCACCGTCAGGCGGCGAGGGTTTAACTcac < 1:613298/150‑1 (MQ=255) cagcagAATATCGATGCGTTCGGCATCCAGGTCGTTAATGATGATAGTTGGTCTGGACATTTTTACTCCATGTCGTCGGTGCTGCGAGTGTCGCAGATAAACATACCCAAAAGAAAACCCTCACCGTCAGGCGGCGAGGGTTTAACTcaa < 2:582670/150‑2 (MQ=255) agcagAATATCGATGCGTTCGGCATCCAGGTCGTTAATGATGATAGTTGGTCTGGACAATTTTACTCCATGTCGTCGGTGCTGCGAGTGTCGCAGATAAACATACCCAAAAGAAAACCCTCACCGTCAGGCGGCGAGGGTTTAACTcaca > 1:1690955/1‑150 (MQ=255) 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aaTGATGATAGTTGGTCTGGACATTTTTACTCCATGTCGTCGGTGCTGCGAGTGTCGCAGATAAACATACCCAAAAGAAAACCCTCACCGTCAGGCGGCGAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGa > 2:838745/1‑150 (MQ=255) tgatAGTTGGTCTGGACATTTTTACTCCATGTCGTCGGTGCTGCGAGTGTCGCAGATAAACATACCCAAAAGAAAACCCTCACCGTCAGGCGGCGAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGc < 1:1168165/150‑1 (MQ=255) atAGTTGGTCTGGACATTTTTACTACATGTCGTCGGTGCTGCGAGTGTCGCAGATAAACATACCAAAAAGAAAAACCTCACCGTCAGGCGGCGAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGATCACTCTTTGAAGTGATTTgaga > 2:1466150/1‑147 (MQ=255) ttGGTCTGGACATTTTTACTCCATGTCGTCGGTGCTGCGAGTGTCGCAGATAAACATACCCAAAAGAAAACCCTCACCGTCAGGCGGCGAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTcaca > 1:610815/1‑150 (MQ=255) cTGGACATTTTTACTCCATGTCGTCGGTGCTGCGAGTGTCGCAGATAACCATACCCACAAGAAAACCCTCACCGTCAGGCGGCGAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAg < 2:1166905/150‑1 (MQ=255) 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ttaaaCCCTCGCCGCCTGACGGTGAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACAGTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACg > 2:239223/3‑150 (MQ=255) gAAAACCCTCACCGTCAGGCGGCGAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACg > 1:739022/1‑150 (MQ=255) aaaaCCCTCACCGTCAGGCGGCGAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGa > 1:1036494/1‑150 (MQ=255) aaCCCTCACCGTCAGGCGGCGAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAAt > 1:645067/1‑150 (MQ=255) cccTCACCGTCAGGCGGCGAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTa > 1:323930/1‑150 (MQ=255) cTCACCGTCAGGCGGCGAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGc < 2:1003206/150‑1 (MQ=255) cACCGTCAGGCGGCGAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCgt < 1:606922/150‑1 (MQ=255) tCAGGCGGCGAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGtttt < 2:1011088/150‑1 (MQ=255) tCAGGCGGCGAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGtttt < 2:1698012/150‑1 (MQ=255) tCAGGCGGCGAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGtttt < 2:215058/150‑1 (MQ=255) ggcggcGAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTa > 1:643911/1‑150 (MQ=255) gcggcgAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTaa > 1:345232/1‑150 (MQ=255) cggcgAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTaaa < 1:1200348/150‑1 (MQ=255) cggcgAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTaaa > 1:387905/1‑150 (MQ=255) cggcgAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTaaa < 1:944735/150‑1 (MQ=255) cggcgAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTaaa < 1:74679/150‑1 (MQ=255) cggcgAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCATAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTaaa < 1:320488/150‑1 (MQ=255) ggcgAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAAt < 1:1077624/150‑1 (MQ=255) gcgAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATc > 1:186853/1‑150 (MQ=255) gcgAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATc > 1:261209/1‑150 (MQ=255) cgAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCa < 1:179305/150‑1 (MQ=255) cgAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCa < 2:1508159/150‑1 (MQ=255) cgAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCa < 1:352578/150‑1 (MQ=255) cgAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCa < 1:1434867/150‑1 (MQ=255) cgAGGGGTTAACTCACCTGATGATCCGGACGGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCa < 2:438584/150‑1 (MQ=255) | GGCGGGTTGCTCCAGCAGAATATCGATGCGTTCGGCATCCAGGTCGTTAATGATGATAGTTGGTCTGGACATTTTTACTCCATGTCGTCGGTGCTGCGAGTGTCGCAGATAAACATACCCAAAAGAAAACCCTCACCGTCAGGCGGCGAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCA > NC_000913/643896‑644191 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |