| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 963,763 | C→T | 6.5% | intergenic (+95/‑65) | rpsA → / → ihfB | 30S ribosomal subunit protein S1/integration host factor (IHF), DNA‑binding protein, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 963,763 | 0 | C | T | 6.5% | 414.9 / 12.8 | 122 | intergenic (+95/‑65) | rpsA/ihfB | 30S ribosomal subunit protein S1/integration host factor (IHF), DNA‑binding protein, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (65/49); new base T (2/6); total (67/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
AACTTCTCCAACAACGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCTACGGCCGCCCTTAATCAATGCAGCAACAGCAGCCGCTTAATTTGCCTTTAAGGAACCGGAGGAATCATGACCAAGTCAGAATTGATAGAAAGACTTGCCACCCAGCAATCGCACATTCCCGCCAAGACGGTTGAAGATGCAGTAAAAGAGA > NC_000913/963615‑963912 | aCTTCTCCAACAACGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCTACgg < 2:1687960/150‑1 (MQ=255) ttCTCCAACAACGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCTACGgcc > 1:1664013/1‑150 (MQ=255) ctcCAACAACGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCTACGgccgc < 2:422204/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |