| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 963,764 | G→A | 6.6% | intergenic (+96/‑64) | rpsA → / → ihfB | 30S ribosomal subunit protein S1/integration host factor (IHF), DNA‑binding protein, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 963,764 | 0 | G | A | 6.6% | 412.4 / 12.1 | 121 | intergenic (+96/‑64) | rpsA/ihfB | 30S ribosomal subunit protein S1/integration host factor (IHF), DNA‑binding protein, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (65/48); new base A (2/6); total (67/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
AACTTCTCCAACAACGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCTACGGCCGCCCTTAATCAATGCAGCAACAGCAGCCGCTTAATTTGCCTTTAAGGAACCGGAGGAATCATGACCAAGTCAGAATTGATAGAAAGACTTGCCACCCAGCAATCGCACATTCCCGCCAAGACGGTTGAAGATGCAGTAAAAGAGA > NC_000913/963615‑963912 | aCTTCTCCAACAACGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCTACgg < 2:1687960/150‑1 (MQ=255) ttCTCCAACAACGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCTACGgcc > 1:1664013/1‑150 (MQ=255) ctcCAACAACGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCTACGgccgc < 2:422204/150‑1 (MQ=255) 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caacaaCGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCCGTAGCCGCCCt < 2:664829/150‑1 (MQ=255) acaacGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCCGTAGCCGCCCTTa < 1:799738/150‑1 (MQ=255) aacGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCTACGGCCGCCCTTAAt > 2:349919/1‑150 (MQ=255) aacGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCTACGGCCGCCCTTAAt > 2:349914/1‑150 (MQ=255) gCACTGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTACAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCTACGGCCGCCCTTAATCaa < 2:165022/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |