| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,670,992 | T→C | 5.7% | F29L (TTC→CTC) | hcaC → | 3‑phenylpropionate dioxygenase, ferredoxin subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,670,992 | 0 | T | C | 5.7% | 349.0 / 8.4 | 107 | F29L (TTC→CTC) | hcaC | 3‑phenylpropionate dioxygenase, ferredoxin subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/50); new base C (3/3); total (54/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GAACGGGATATCGTCCTGGATCAAGCGGTAATCACTTCCCATAACCTGAGTGTACTGTTCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATACCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCAATGTCAGAAGGGTATCTGGAAGATGACGCCACGGTGGAGTGCCCGCTACACGCCGCCAGTTTTTGCCTGAAAACGGGGAAAGCGTTATGC > NC_000913/2670846‑2671141 | gAACGGGATATCGTCCTGGATCAAGCGGTAATCACTTCCCATAACCTGAGTGTACTGTTCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATACCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCa < 2:338568/150‑1 (MQ=255)gAACGGGATATCGTCCTGGATCAAGCGGTAATCACTTCCCATAACCTGAGTGTACTGTTCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATACCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCa < 2:338650/150‑1 (MQ=255) ggATATCGTCCTGGATCAAGCGGTAATCACTTCCCATAACCTGAGTGTACTGTTCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATACCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACgat > 2:1686692/1‑148 (MQ=255) 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cccTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCAATGTCAGAAGGGTATCTGGAAGATGACGCCACGGTGGAGTGCCCGCTACACGCCGCCAGTTTTTGCCTGAAAACGGGGAAAGCGt < 2:812124/150‑1 (MQ=255) cTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCAATGTCAGAAGGGTATCTGGAAGATGACGCCACGGTGGAGTGCCCGCTACACGCCGCCAGTTTTTGCCTGAAAACGGGGAAAGCGTTa < 1:919639/150‑1 (MQ=255) cTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCAATGTCAGAAGGGTATCTGGAAGATGACGCCACGGTGGAGTGCCCGCTACACGCCGCCAGTTTTTGCCTGAAAACGGGGAAAGCGTTa < 2:303701/150‑1 (MQ=255) tGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCAATGTCAGAAGGGTATCTGGAAGATGACGCCACGGTGGAGTGCCCGCTACACGCCGCCAGTTTTTGCCTGAAAACGGGGAAAGCGTTAt < 1:808132/150‑1 (MQ=255) tGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCAATGTCAGAAGGGTATCTGGAAGATGACGCCACGGTGGAGTGCCCGCTACACGCCGCCAGTTTTTGCCTGAAAACGGGGAAAGCGTTAt < 1:1661896/150‑1 (MQ=255) 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ttCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCAATGTCAGAAGGGTATCTGGAAGATGACGCCACGGTGGAGTGCCCGCTACACGCCGCCAGTTTTTGCCTGAAAACGGGGAAAGCGTTAtgc < 1:1176247/150‑1 (MQ=255) ttCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCAATGTCAGAAGGGTATCTGGAAGATGACGCCACGGTGGAGTGCCCGCTACACGCCGCCAGTTTTTGCCTGAAAACGGGGAAAGCGTTAtgc < 2:1583166/150‑1 (MQ=255) | GAACGGGATATCGTCCTGGATCAAGCGGTAATCACTTCCCATAACCTGAGTGTACTGTTCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATACCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCAATGTCAGAAGGGTATCTGGAAGATGACGCCACGGTGGAGTGCCCGCTACACGCCGCCAGTTTTTGCCTGAAAACGGGGAAAGCGTTATGC > NC_000913/2670846‑2671141 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |