| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,787,375 | T→A | 7.3% | pseudogene (979/2253 nt) | ygaQ → | uncharacterized protein; putative enzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,787,375 | 0 | T | A | 7.3% | 231.8 / 5.9 | 67 | pseudogene (979/2253 nt) | ygaQ | uncharacterized protein; putative enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/20); new base A (2/3); total (44/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTGTACCATCCATAATCCAATGGGAGATTTGCAGGATTTTATTGCATTGGTTAAAGATGCT‑AAAAAATTTGGTATCGATATCATTCCTGATTATACCTTTAACTTTATGGGAATTGGGGGTAGTGGTAAAAATGACCTGGATTATCCCTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCAAGGTCAGGTTTTGATTCCATTCATTAAAGATCCAGTAACAAAAGAACGTAAACAAATCCATCCAGAAGATATACATCTCACTGCAAAA > NC_000913/2787226‑2787524 | tttGTACCATCCATAATCCAATGGGAGATTTGCAGGATTTTATTGCATTGGTTAAAGATGCT‑AAAAAATTTGGTATCGATATCATTCCTGATTATACCTTTAACTTTATGGGACTTGGGGGTAGTGGTAAAAATGACCTGGATTATCCct > 2:1401482/1‑150 (MQ=255)tttGTACCATCCATAATCCAATGGGAGATTTGCAGGATTTTATTGCATTGGTTAAAGATGCT‑AAAAAATTTGGTATCGATATCATTCCTGATTATACCTTTAACTTTATGGGAATTGGGGGTAGTGGTAAAAATGACCTGGATTATCCct > 2:42100/1‑150 (MQ=255)tttGTACCATCCATAATCCAATGGGAGATTTGCAGGATTTTATTGCATTGGTTAAAGATGCT‑AAAAAATTTGGTATCGATATCATTCCTGATTATACCTTTAACTTTATGGGAATTGGGGGTAGTGGTAAAAATGACCTGGATTATCCct > 2:1719953/1‑150 (MQ=255) 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2:1359663/1‑150 (MQ=255) gggggTAGTGGTAAAAATGACCTGGATTATCCCTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATTGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGAAAGGTCAGGTTTTGATTCCATTCATTAAAGATCCAGTAACAAAAGAACGTAAACaa < 2:356610/150‑1 (MQ=255) ggggTAGTGGTAAAAATGACCTGGATTATCCCTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCAAGGTCAGGTTTTGATTCCATTCATTAAAGATCCAGTAACAAAAGAACGTAAACaaa > 1:875194/1‑150 (MQ=255) gTAGTGGTAAAAATGACCTGGATTATCCCTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCAAGGTCAGGTTTTGATTCCATTCATTAAAGATCCAGTAACAAAAGAACGTAAACAAatcc > 1:755149/1‑150 (MQ=255) ggTAAAAATGACCTGGATTATCCCTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCAAGGTCAGGTTTTGATTCCATTCATTAAAGATCCAGTAACAAAAGAACGTAAACAAAtccatcca > 2:769674/1‑150 (MQ=255) gTAAAAATGACCTGGATTATCCCTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCAAGGTCAGGTTTTGATTCCATTCATTAAAGATCCAGTAACAAAAGAACGTAAACAAATCCATCCag < 2:1214966/150‑1 (MQ=255) 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tGGATTATCCCTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCAAGGTCAGGTTTTGATTCCATTCATGAAAGATCCAGTAACAAAAGAACGGAAACAAATCCATCCAGAAGATATACAtc > 2:1719657/1‑150 (MQ=255) ttATCCCTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCAAGGTCAGGTTTTGATTCCATTCATTAAAGATCCAGTAACAAAAGAACGTAAACAAATCCATCCAGAAGATATACATCTCAc > 1:1038775/1‑150 (MQ=255) aTCCCTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCAAGGTCAGGTTTTGATTCCATTCATTAAAGATCCAGTAACAAAAGAACGTAAACAAATCCATCCAGAAGATATACATCTCACTg < 1:1055159/150‑1 (MQ=255) cccTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCAAGGTCAGGTTTTGATTCCATTCATTAAAGATCCAGTAACAAAAGAACGTAAACAAATCCATCCAGAAGATATACATCTCACTGCa > 2:945257/1‑150 (MQ=255) cccTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCAAGGTCAGGTTTTGATTCCATTCATTAAAGATCCAGTAACAAAAGAACGTAAACAAATCCATCCAGAAGATATACATCTCACTGCa > 1:279328/1‑150 (MQ=255) ccTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCAAGGTCAGGTTTTGATTCCATTCATTAAAGATCCAGTAACAAAAGAACGTAAACAAATCCATCCAGAAGATATACATCTCACTGCaa < 2:165360/150‑1 (MQ=255) ccTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCAAGGTCAGGTTTTGATTCCATTCATTAAAGATCCAGTAACAAAAGAACGTAAACAAATCCATCCAGAAGATATACATCTCACTGCaa < 2:644116/150‑1 (MQ=255) ctctGCTGATATATGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCAAGGTCAGGTTTTGATTCCATTCATTAAAGATCCAGTAACAAAAGAACGTAAACAAATCCATCCAGAAGATATACATCTCACTGCaaa < 1:97161/150‑1 (MQ=255) ctctGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCAAGGTCAGGTTTTGATTCCATTCATTAAAGATCCAGTAACAAAAGAACGTAAACAAATCCATCCAGAAGATATACATCTCACTGCaaa < 1:626831/150‑1 (MQ=255) tctGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCAAGGTCAGGTTTTGATTCCATTCATTAAAGATCCAGTAACAAAAGAACGTAAACAAATCCATCCAGAAGATATACATCTCACTGCaaaa < 2:550773/150‑1 (MQ=255) tctGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCAAGGTCAGGTTTTGATTCCATTCATTAAAGATCCAGTAACAAAAGAACGTAAACAAATCCATCCAGAAGATATACATCTCACTGCaaaa < 2:1517400/150‑1 (MQ=255) tctGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCAAGGTCAGGTTTTGATTCCATTCATTAAAGATCCAGTAACAAAAGAACGTAAACAAATCCATCCAGAAGATATACATCTCACTGCaaaa < 2:136509/150‑1 (MQ=255) | TTTGTACCATCCATAATCCAATGGGAGATTTGCAGGATTTTATTGCATTGGTTAAAGATGCT‑AAAAAATTTGGTATCGATATCATTCCTGATTATACCTTTAACTTTATGGGAATTGGGGGTAGTGGTAAAAATGACCTGGATTATCCCTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCAAGGTCAGGTTTTGATTCCATTCATTAAAGATCCAGTAACAAAAGAACGTAAACAAATCCATCCAGAAGATATACATCTCACTGCAAAA > NC_000913/2787226‑2787524 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |