| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 222,958 | Δ1 bp | 100% | coding (126/576 nt) | gmhB → | D,D‑heptose 1,7‑bisphosphate phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 222,958 | 0 | A | . | 100.0% | 1245.0 / NA | 249 | coding (126/576 nt) | gmhB | D,D‑heptose 1,7‑bisphosphate phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base . (113/136); total (113/136) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
TGCCTTATTAAGGAGCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCTAAAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGATGGTATCTATT > NC_000913/222809‑223103 | tGCCTTATTAAGGAGCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCTa > 2:1026972/1‑150 (MQ=255)tGCCTTATTAAGGAGCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCTa > 1:818149/1‑150 (MQ=255) attaAGGAGCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCTaaaaaaa > 1:966114/1‑150 (MQ=255) ttaAGGAGCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCTaaaaaaat < 1:2874819/150‑2 (MQ=255) ttaAGGAGCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCTaaaaaaat < 1:1727872/150‑2 (MQ=255) gCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCttt < 1:3403266/150‑1 (MQ=255) tataAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTATTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACTGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAATTGTGCTTTgc > 2:4097504/1‑150 (MQ=255) taAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTgcgc > 1:1887857/1‑150 (MQ=255) taAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTgcgc > 2:690479/1‑150 (MQ=255) taAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTgcgc > 1:3855396/1‑150 (MQ=255) aaaaGGTGGCGAATAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCt > 1:3255499/1‑150 (MQ=255) aaaaGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGTTCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCt < 2:153655/150‑1 (MQ=255) aaaaGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCt < 1:2023087/150‑1 (MQ=255) aaaaGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCt < 1:869240/150‑1 (MQ=255) aaaGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGGTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCtg > 2:833477/1‑150 (MQ=255) aGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCtggt < 1:3172117/150‑1 (MQ=255) ggCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGgta > 1:186417/1‑150 (MQ=255) ggCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGgta < 2:2359726/150‑1 (MQ=255) 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cGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTaaccaac < 2:587211/150‑1 (MQ=255) gTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTaaccaacc > 2:212999/1‑150 (MQ=255) ccGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTc < 2:2743850/150‑1 (MQ=255) cGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCt > 2:3374083/1‑150 (MQ=255) cGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCt < 2:546207/150‑1 (MQ=255) 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tttCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTg < 2:2192333/150‑1 (MQ=255) ttGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTcg > 2:3086496/1‑150 (MQ=255) gACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTcgcg < 1:1598303/150‑1 (MQ=255) aCCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAGAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCgg < 1:2249591/150‑1 (MQ=255) cGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTa > 1:495328/1‑150 (MQ=255) 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aCGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGa < 2:1961253/150‑1 (MQ=255) aCGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGa < 2:4076573/150‑1 (MQ=255) aCGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGa > 1:4164241/1‑150 (MQ=255) aCGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGa < 1:371066/150‑1 (MQ=255) aCGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTAGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGa < 1:430912/150‑1 (MQ=255) aCGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTAGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGa < 1:2964421/150‑1 (MQ=255) aCGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCACTGCTAGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGa < 1:3451204/150‑1 (MQ=255) cGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGAt < 1:2419814/150‑1 (MQ=255) cGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGAt < 1:1014486/150‑1 (MQ=255) cATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGATGGt > 2:859384/1‑150 (MQ=255) gcgcGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGATGGTATc > 1:2791864/1‑150 (MQ=255) cgcgAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGATGGTATCt > 2:1884783/1‑150 (MQ=255) | TGCCTTATTAAGGAGCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCTAAAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGATGGTATCTATT > NC_000913/222809‑223103 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |