| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,392,201 | C→G | 6.9% | intergenic (‑173/+257) | tldD ← / ← yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,392,201 | 0 | C | G | 6.9% | 896.3 / 4.4 | 302 | intergenic (‑173/+257) | tldD/yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (159/115); new base G (2/25); total (162/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.91e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
TGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCT > NC_000913/3392052‑3392349 | tGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCCGCCTACGGTTATGTTCAGGATTGTAGGCCTGATAAGACGCAAAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTCAACGCCAAAGCCGACCTAc > 1:2542118/1‑150 (MQ=18)tGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAc > 1:1530448/1‑150 (MQ=255)tGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAc > 1:1942094/1‑150 (MQ=255) cAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg > 1:1995992/1‑150 (MQ=255) aGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTAGTAGGCCTGAGACGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTAACCGACCTACggg > 2:2080641/1‑149 (MQ=18) agagGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAt < 2:1146726/150‑1 (MQ=255) gagGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGAACAGCGTCGCATCAGGCAACGGATGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTAATACGACCTACGGTTagg > 2:1496904/1‑148 (MQ=255) aTTTTTTCGGGCGGCCGGTTGCGGGGTGACCGCCCAATCCAGCCTCGGGTTTTGTTCGGGTTTTTTGGCCTTATAAGACGCACCGCGTCGCAACCGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc < 1:3653343/150‑1 (MQ=17) aTTTTTTACGGGTGCCGGATGGGGCGTGACCGCCCTATCCCGCCTACGGTTTTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTct < 2:2129099/150‑2 (MQ=14) ttttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGtt < 2:187584/150‑1 (MQ=255) tttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGttt < 2:3113359/150‑1 (MQ=255) tACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGGCCTACGGTTATGTTCCGGTTAGTAGGCCTGATAAGACGAACAGCGTCGCAGATGGCAACGGCTGGCCGCTGCGGCGTAAACGCGAGCTCCGACCTCGGGGTAGGTTCCggtggt > 2:2804830/1‑145 (MQ=18) tACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCTACCTACGGTTATGTTCCGTTTGt > 2:1548748/1‑150 (MQ=255) ccGGGTGCCGGATGCGGCGTGACCGCCCTACCCTGCCTAGGGTTTTGTTCCGTTTTTTTGGCCTGATAAGACCCACCCCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTa < 1:2528568/149‑1 (MQ=14) aCGGCTGCCGGATGCGGCTTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGTTTTGTCGGCCTGATAAGACGCACCGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTa < 1:1678003/150‑1 (MQ=255) aCGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTa < 2:3874768/150‑1 (MQ=255) cGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAg < 2:2262007/150‑1 (MQ=255) ggtGCCGGTTGCGGGGTTACCGCCTTATCCAGCCTTGGTTTATGTTCCTTTTTGTATGCTTTTTATGACGAACCGCTTCGAATCAGCAAACGGCTGTCGGATGCGGCTTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGc < 1:3996668/148‑1 (MQ=9) 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cGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGGTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTc > 1:3588584/1‑150 (MQ=255) gCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCGTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTATGCCAGATAAGACGCACAGCCTCg > 2:2570959/1‑150 (MQ=255) gCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCg > 2:4196544/1‑150 (MQ=255) cccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTGTCGATGCCTGTTAACACGCACACAGTCGc > 2:3496985/1‑150 (MQ=14) cccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGc > 1:2495813/1‑150 (MQ=255) ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCa > 2:2897556/1‑150 (MQ=255) acccACCCTCCGGTTATGTTCCGGTTGGACCCCCATAAAACACGCACAGCGACGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACCCACAGCGTCGCATCa < 1:3789457/148‑1 (MQ=11) tCCAGCCTCCGTTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATACGACGCACTGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAg < 1:1889483/150‑1 (MQ=14) tCCAGCCTACGTTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAg < 2:3734155/150‑1 (MQ=255) tCCAGCCTACGGTTTTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACCGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAg < 1:1519637/150‑1 (MQ=255) tCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATCAGACGCACAGCGTCGCATCAg > 2:553510/1‑150 (MQ=255) tCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAg < 1:2029162/150‑1 (MQ=40) gccAGCCCTCGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTTATAAGACGCACAGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAg < 1:4135248/149‑1 (MQ=255) ccAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAgg < 2:2665975/150‑1 (MQ=40) aGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGGATCTAGGCCAGTTAACACGCACACCCTAGCGACAGGCa > 2:1985762/1‑150 (MQ=11) cTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACg < 2:650093/150‑1 (MQ=37) ttATTTTCCGGTTTGTAGTCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCTGTCAACGGCTGTGGGATGCGGGGTAAACGCCTTATCCGACCAAGGTTTTTTTACCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGcc < 2:306797/150‑1 (MQ=11) ttATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTTCGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCGTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGcc > 1:391624/1‑150 (MQ=255) tGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGCCGCATCCGGCAGCCGTTGCCTGa < 2:3831714/150‑1 (MQ=11) gTTCGGTTTTGTTGGCCTTATAAGACGCACCGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAGGGTTTTGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGAt < 2:445528/150‑1 (MQ=11) 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aCGCCTTATCCGACCTCCGGTTATGTTCCGTTTGCCGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTc < 1:1780561/150‑1 (MQ=255) cGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCg > 1:1336064/1‑150 (MQ=255) gCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGc > 1:2321891/1‑150 (MQ=255) gCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGc > 1:471414/1‑150 (MQ=255) ccTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCa > 1:2141507/1‑150 (MQ=255) cTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCAt > 1:3354068/1‑150 (MQ=255) tacccGACCTACGGTTATGGACCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCa < 2:1513731/147‑1 (MQ=255) tATCCGACCTACGTTTATGTTCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCa < 2:868504/150‑1 (MQ=255) agccGACCTAGGTTTATGTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAg < 1:1229565/148‑1 (MQ=255) gACCTACGTTTTTTTTCCGTTTGTTGGCCTGTTAAGACGCACAGGGTGGCATCTGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCaa < 1:3451703/150‑1 (MQ=11) aCCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAAc > 2:139/1‑150 (MQ=37) cTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACgg > 2:614602/1‑150 (MQ=35) | TGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCT > NC_000913/3392052‑3392349 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |