| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,220,920 | C→T | 5.6% | pseudogene (1320/2574 nt) | ycgH → | pseudogene; putative ATP‑binding component of a transport system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,220,920 | 0 | C | T | 5.6% | 186.2 / 2.2 | 71 | pseudogene (1320/2574 nt) | ycgH | pseudogene; putative ATP‑binding component of a transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/37); new base T (2/2); total (32/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.15e-01 | |||||||||||
GAAGCTTTCAGAAAATACAATCTGGAATATGAAAGATGACTCCGTTGTTACCCATCTGACTAATTCAGACAGTATTATCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCGGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGG > NC_000913/1220773‑1221067 | gAAGCTTTCAGAAAATACAATCTGGAATATGAAAGATGACTCCGTTGTTACCCATCTGACTAATTCAGACAGTATTATCAATCTTTCGTTTGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCg > 1:1027906/1‑149 (MQ=255) gCTTTCAGAAAATACAATCTGGAATATGAAAGATGACTCCGTTGTTACCCATCTGACTAATTCAGACAGTATTATCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACACAAGGAAAAACATTAACCGAAAAAGGTAATTATGTCGGta > 2:600195/1‑149 (MQ=255) aGAAAATACAATCTGGAATATGAAAGATGACTCCGTTGTTACCCATCTGACTAATTCATACAGTATTATAAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAATGTAATTATGTCGGAAATAATg > 2:832092/1‑149 (MQ=255) 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tatCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCTTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCAGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCGGCTACGGACATACTTATTGTTGAgg > 1:77113/1‑149 (MQ=255) atCAATCTTTCGTATGATGATTGTCAAACATTTACCCAATGAAAAACATTCACCGTATAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCAGGGTATTAGGTGATGATAAATCGGCTACGGACAGACTTATTGTTGAggg < 2:312334/149‑1 (MQ=255) atCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCGGCTACGGACAGACTTATTGTTGAggg < 2:29586/149‑1 (MQ=255) tCAATTTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCAGCACCGTATTATGTGATGATAAATCGGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGt < 2:445307/149‑1 (MQ=255) tCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGAAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCCGCTACGGCCAGACTTATTGTTGAGGGt > 1:591386/1‑149 (MQ=255) 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atgatgatgGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCGGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTaa > 1:326516/1‑139 (MQ=255) atgatgatgGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCGGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTaa < 2:326516/139‑1 (MQ=255) gTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCTGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCGGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTAcc < 2:124864/149‑1 (MQ=255) gTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCGGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTAcc < 1:85834/149‑1 (MQ=255) aaCATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCGGCTACGGACAGACTTATTGTTGACGGTAATACTTCGGGTTAAACTACGGTCt > 2:368215/1‑149 (MQ=255) 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aaaGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCGGCTACGGACAGA‑TTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGcc > 1:75364/1‑149 (MQ=255) aGGTAATTATGTTGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCGGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCa < 1:565460/149‑1 (MQ=255) aGGAAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCGGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGGTCAACTACCGTCTATGTGAAAACTGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCa < 1:430519/149‑1 (MQ=255) tAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCGGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCACCTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGc < 2:756945/149‑1 (MQ=255) aTGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCGGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGCGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAAc > 1:888606/1‑149 (MQ=255) gTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCGGCTACGGACAGACTTATGGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACgg < 2:652426/149‑1 (MQ=255) tCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCGGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGTTAATAATTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGTAGGAATCGTCGCTGCCAAGCTAAAAggg > 1:644859/1‑149 (MQ=255) tCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCGGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAAAggg > 1:648183/1‑149 (MQ=255) | GAAGCTTTCAGAAAATACAATCTGGAATATGAAAGATGACTCCGTTGTTACCCATCTGACTAATTCAGACAGTATTATCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCGGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGG > NC_000913/1220773‑1221067 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |