| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,364,244 | T→C | 5.5% | Y480H (TAC→CAC) | yhcD → | putative outer membrane fimbrial subunit usher protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,364,244 | 0 | T | C | 5.5% | 205.5 / 2.7 | 72 | Y480H (TAC→CAC) | yhcD | putative outer membrane fimbrial subunit usher protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/36); new base C (2/2); total (34/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.20e-01 | |||||||||||
CTGATCGCCATTATCGCGAACTGTCTGAAGCGATTGATGATGATTATACCGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTGGCAGCATCAACTTAGTGCTTCAGAAAATAATGAAGACGATGGTGATCTGTTCTACGTCAACATCAGT > NC_000913/3364104‑3364390 | cTGATCGCCATTATCGCGAACTGTCTGAAGCGATTGATGATGATTATACCGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGt < 2:835047/149‑1 (MQ=255)cTGATCGCCATTATCGAGAACTGTCTGAAGCGATTGCTGATGATTATACCGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGGTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGt < 2:447404/149‑1 (MQ=255) cGCCATTATCGCGAACTGTCTGAAGCGATTGATGATGATTATACCGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACaa > 1:177327/1‑149 (MQ=255) ttATCGCGAACTGTCTGAAGCGATTGATGATGATTATACCGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACt < 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aCATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTGGCAGCATCAACTTAGTGCTTCAGAAAATAATGAAGACGATGGTGATCTGTTCTACGTCaa < 2:861545/149‑1 (MQ=255) cATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTGGCAGCATCAACTTAGTGCTTCAGAAAATAATGAAGACGATGGTGATCTGTTCTACGTCAAc < 1:465694/149‑1 (MQ=255) tataGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTGGCAGCATCAACTTAGTGCTTCAGAAAATAATGAAGACGATGGTGATCTGTTCTACGTCAACAt < 2:107382/149‑1 (MQ=255) taGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTGGCAGCATCAACTTAGTGCTTCAGAAAATAATGAAGACGATGGTGATCTGTTCTACGTCAACATCa < 1:78111/149‑1 (MQ=255) taGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTGGCAGCATCAACTTAGTGCTTCAGAAAATAATGAAGACGATGGTGATCTGTTCTACGTCAACATCa < 2:177327/149‑1 (MQ=255) aGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTGGCAGCATCAACTTAGTGCTTCAGAAAATAATGAAGACGATGGTGATCTGTTCTACGTCAACATCAg > 1:768907/1‑149 (MQ=255) gTTACGACGGTGACTATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTCGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTGGCATAATCAACTTAGTCATTCAGAAAATAAAGAAGACGATGGTGAACTGTTCTACGTCAACATCAGt > 2:415997/1‑149 (MQ=255) | CTGATCGCCATTATCGCGAACTGTCTGAAGCGATTGATGATGATTATACCGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTGGCAGCATCAACTTAGTGCTTCAGAAAATAATGAAGACGATGGTGATCTGTTCTACGTCAACATCAGT > NC_000913/3364104‑3364390 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |