| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,809,356 | 0 | C | A | 6.2% | 280.8 / 5.6 | 115 | R273S (CGC→AGC) | waaA | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonic‑acid transferase (KDO transferase) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (55/51); new base A (4/4); total (59/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTTACAGCAATTCCCGAATTTATTGCTCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCATTGCCGATCTC > NC_000913/3809208‑3809502 | cgccgcCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGCAGGCGAAGAGCGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTTACAGCAATGCCCGAATTTATTGCTCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCtt > 2:578410/1‑149 (MQ=255) gccgccAGTGGGCACCACACCGCCGGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGACAGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGAACATCAGGAAATGTTACAGCAATTCCCGAATTTTTTGCTCATCCTGGTACCCAGTCATCCGGAACGCTTc > 1:578979/1‑149 (MQ=255) cgccAGTGGGCACCACCCCGCCCGGTATGGATTGCCCCCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATAGTTACCGCAATTCCCGCATTTATTGGTCATCCTGGTACACCGTCTTCCGGAACGCTTcgc > 1:602082/1‑147 (MQ=255) 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gAATTTATTGCTCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCTACCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGGGGGTGGCGATAGGATgg > 2:464770/1‑149 (MQ=255) aaTTAAATGCGCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGTTACGATggg < 1:1033250/149‑1 (MQ=255) gCTGATCCTGGTACCCCGTCCTCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGACCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGTGAAGTCTCATCCACCAGCTCGGAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGTGCGAGTTGa < 2:765250/149‑1 (MQ=255) gCTCATCCTGGTACCCCGTCATCGGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGGTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGa < 1:814382/149‑1 (MQ=255) gCTCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGa < 1:161009/149‑1 (MQ=255) gCTCATCCTGGTACACCGTCATACGGAACGCTTCCCGGATGCGATTACACTTGTCCTCCAGGCTGGACTAAGCGATATAACACGCACTTCAGAGGAAGTCCCCTCAACCAGCACGCAGTGTGTGGTTGGCGATCCGATGGGCTAGTGGa > 2:927021/1‑149 (MQ=255) cTCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGCACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTATGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTGCACCATCACGCAGGTTGTGGTGGGCGATACGATGTGAGAGTTGAt > 1:583607/1‑149 (MQ=255) cTCATCCTGGTACACCGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGATGAGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGAt > 2:367828/1‑149 (MQ=255) cATCCTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGt < 1:126565/149‑1 (MQ=255) tgcTGGGACCCCCGCCTCCGGAACGGTTGCCGGTTGGGGTTAACCTTTTGCGCCATGCTGGTCTTAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTa < 2:981317/147‑1 (MQ=255) ccccGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGACCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCTGCACGCAGCTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGCCTTGATGTTACTGTATgg > 1:844820/1‑149 (MQ=255) ccGTCATCCGGAACGCTTGCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATTCGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCa > 1:717165/1‑149 (MQ=255) tcgcATCCGGGAAGCGTTCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCAt > 1:868466/4‑149 (MQ=255) cgcATCCGGGAAGCGTTCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATG‑TACTGTATGGCATTg > 2:777444/3‑149 (MQ=255) aTCCGGGAAGCGTTCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCATTGcc > 2:262695/1‑149 (MQ=255) tCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCCCACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCATTGCCg > 1:202809/1‑149 (MQ=255) aaCGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTACCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCATTGCCGAtctc < 2:413770/149‑1 (MQ=255) | GCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTTACAGCAATTCCCGAATTTATTGCTCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCATTGCCGATCTC > NC_000913/3809208‑3809502 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |