| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,809,361 | 0 | C | T | 6.8% | 264.1 / 7.0 | 109 | F274F (TTC→TTT) ‡ | waaA | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonic‑acid transferase (KDO transferase) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/50); new base T (3/4); total (54/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
GCCGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTTACAGCAATTCCCGAATTTATTGCTCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCATTGCCGATCTCGCCTTTG > NC_000913/3809213‑3809509 | gccgccAGTGGGCACCACACCGCCGGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGACAGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGAACATCAGGAAATGTTACAGCAATTCCCGAATTTTTTGCTCATCCTGGTACCCAGTCATCCGGAACGCTTc > 1:578979/1‑149 (MQ=255) cgccAGTGGGCACCACCCCGCCCGGTATGGATTGCCCCCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATAGTTACCGCAATTCCCGCATTTATTGGTCATCCTGGTACACCGTCTTCCGGAACGCTTcgc > 1:602082/1‑147 (MQ=255) cgccAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGGGGTGCTCGCCGGGCATCAGGCATTGTTACAGCAATTCCCGAGTTTATTGCTCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCTTccc > 1:234619/1‑149 (MQ=255) 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gCTCATCCTGGTACACCGTCATACGGAACGCTTCCCGGATGCGATTACACTTGTCCTCCAGGCTGGACTAAGCGATATAACACGCACTTCAGAGGAAGTCCCCTCAACCAGCACGCAGTGTGTGGTTGGCGATCCGATGGGCTAGTGGa > 2:927021/1‑149 (MQ=255) cTCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGCACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTATGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTGCACCATCACGCAGGTTGTGGTGGGCGATACGATGTGAGAGTTGAt > 1:583607/1‑149 (MQ=255) cTCATCCTGGTACACCGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGATGAGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGAt > 2:367828/1‑149 (MQ=255) cATCCTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGt < 1:126565/149‑1 (MQ=255) tgcTGGGACCCCCGCCTCCGGAACGGTTGCCGGTTGGGGTTAACCTTTTGCGCCATGCTGGTCTTAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTa < 2:981317/147‑1 (MQ=255) cTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACt < 1:454879/149‑1 (MQ=255) aCCCCGTCATCCTGTAGGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTGAGGCAGGCTTGACTAAGGTATATCACTCGCTCTTCAGGGGAATTCACCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATg < 1:846376/149‑1 (MQ=255) ccccGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGACCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCTGCACGCAGCTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGCCTTGATGTTACTGTATgg > 1:844820/1‑149 (MQ=255) ccGTCATCCGGAACGCTTGCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATTCGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCa > 1:717165/1‑149 (MQ=255) tcgcATCCGGGAAGCGTTCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCAt > 1:868466/4‑149 (MQ=255) cgcATCCGGGAAGCGTTCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATG‑TACTGTATGGCATTg > 2:777444/3‑149 (MQ=255) aTCCGGGAAGCGTTCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCATTGcc > 2:262695/1‑149 (MQ=255) tCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCCCACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCATTGCCg > 1:202809/1‑149 (MQ=255) cGGAAAGCTTCCCGGATGCGATTATCCTTGAGCGCCCGGCTGGACTAAGCTATAGCACCCGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATTCGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCATTGCCGAt < 2:442811/149‑1 (MQ=255) aaCGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTACCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCATTGCCGAtctc < 2:413770/149‑1 (MQ=255) cccGGATGCGATTTACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACCCGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTGGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCTTTGCCGATCTCGCCTttg > 1:609837/1‑149 (MQ=255) cccGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCCGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCATCAACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGTCGAGTTGATGTTACTGTATGGCTTTGCCGATCTCGCCTttg < 2:153406/149‑1 (MQ=255) | GCCGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTTACAGCAATTCCCGAATTTATTGCTCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCATTGCCGATCTCGCCTTTG > NC_000913/3809213‑3809509 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |