| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,436,919 | G→A | 5.5% | L55L (CTG→CTA) | cysQ → | 3'(2'),5'‑bisphosphate nucleotidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,436,919 | 0 | G | A | 5.5% | 193.9 / 2.4 | 73 | L55L (CTG→CTA) | cysQ | 3'(2'),5'‑bisphosphate nucleotidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/39); new base A (2/2); total (32/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.25e-01 | |||||||||||
CAGCTTGCACGGAATGCAGGCGATGCCATTATGCAGGTCTACGACGGGACGAAACCGATGGACGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTACTGGCTGGTAGACCCGCTGGATGGTACTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTG > NC_000913/4436773‑4437061 | cAGCTTGCACGGAATGCAGGCGATGCCATTATGCAGGTCTACGACGGGACGAAACCGATGGACGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTAATCATGGACGGTTTACGTACGCTGac > 1:36327/1‑149 (MQ=255)cAGCTAGCACGCAATGCAGGCGATGACAGTATGCAGGTATCCGACGGGACGAAACCGATGGACGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACTCCGTTCTCAGGGACGGTTTACGGACGCTGac < 1:837821/149‑1 (MQ=255) cACGGAATGCAGGCGATGCCATTATGCAGGTCTACGACGGGACGAAACCGATGGACGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGAt > 1:113364/1‑149 (MQ=255) cGGAATGCAGGCGATGCCATTATGCAGGTCTACGACGGGACGAAACCGATGGACGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGt < 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gCAGGCGATGCCATTATGCAGGTCTACGACGGGACGAAACCGATGGACGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGt < 1:517573/149‑1 (MQ=255) cATTATGCAGGTCTACGACGGGACGAAACCGATGGACGTCGTCAGCAAATCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTgaag > 1:237212/1‑149 (MQ=255) cATTATGCAGGTCTACGACGGGACGAAACCGATGGACGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGCCACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTgaag > 1:493031/1‑149 (MQ=255) cATTATGCAGGTCTACGACGGGACGAAACCGATGGACGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTgaag > 1:973213/1‑149 (MQ=255) cATTATGCAGGTCTACGACGGGACGAAACCGATGGACGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTgaag > 2:163434/1‑149 (MQ=255) cATTATGCAGGTCTACGACGGGACGAAACCGATGGACGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGG‑TTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTgaaga > 2:522947/1‑149 (MQ=255) aTTATGCAGGTCTACGACGGGACGAAACCGATGGACGTCGTCAGCAAAGCTGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTgaaga < 1:288710/149‑1 (MQ=255) aTTATGCAGGTCTACGACGGGACGAAACCGATGGACGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGAGGTTCGGGTCCTTTCTcaaga < 2:379469/149‑1 (MQ=255) gCAGGTCTACGACGGGACGAAACCGATGGACGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTGATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCCGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGAtc > 2:323272/1‑149 (MQ=255) aGGTCTACGACGGGACGAAACCGATGGACGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAGCGGCAGCGGATATTGCCGCTCTCACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGAGGTTCCGGTGCGTTCTGCAGAACTtcct > 2:562068/1‑149 (MQ=255) aGGTCTACGACGGGACGAAACCGATGGACGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGAtcct > 2:221653/1‑149 (MQ=255) gacgGGACGAAACCGATTGACGTCGTCAGCAAAGCGCACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTg < 2:48282/149‑1 (MQ=255) cgGGACGAAACCGATTGACGTCGGCAGCAAAGCGGACAATGCTCCTGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTggg < 1:670385/149‑1 (MQ=255) gAAACCGATGGACGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGAAACGGCAGCCGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGCTTTACGTACGCTGCCACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTAGGGAAGTcc > 1:21004/1‑149 (MQ=255) gAAACCGATGGACGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTATCCGCTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTAACACCGTTATCATGGACGGATTACGTAAGCTGACCCCTGATTTTCCGGTCCTTTCAGAAGATGATCCTCCCGGGTGGGCAGTcc > 2:952722/1‑149 (MQ=255) 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aTGGACGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATAGTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGATGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCAGTCAGcc > 1:226827/1‑148 (MQ=255) ggACGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGGAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACCCCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACt < 1:970861/149‑1 (MQ=255) ccgtcgtCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTgg < 2:803652/148‑1 (MQ=255) aCGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGAGGATATTGCCGCTCCCACCGTTATCATGGACGGTTTTCGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGCTCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTgg > 1:182619/1‑149 (MQ=255) cgtcgtCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGc < 1:910042/149‑1 (MQ=255) 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gCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTAc < 1:33741/149‑1 (MQ=255) gCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCGCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTCCGCTGACACCGGATGGTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGAAAGGCCGTCAGCACTGGCAGCGTTAc < 1:787618/149‑1 (MQ=255) cAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACTCCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTAct < 1:1010817/149‑1 (MQ=255) aGCGGACAATTCTCCGGTAACAGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTActggc < 2:978681/149‑1 (MQ=255) cGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGGGGATATTGCCGCTCACTCCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTActggctg < 1:123364/149‑1 (MQ=255) 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atatTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGTTTGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTACTGGCTGGTAGACCCGCTGGATGGTACTAAagag < 1:280398/149‑1 (MQ=255) ttGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTACTGGCTGGTAGACCCGCTGGATGGTACTAAAGAGttt < 2:42681/149‑1 (MQ=255) acacCGTTATCATGGACGGCTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTACTGGCTGGTAGACCCGCTGGATGGTACTAAAGAGTTTATTAAACGt < 2:858846/149‑1 (MQ=255) cacCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGATCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGCTTGGGAAGACCGTCAGCACTGGCAGCGATACTGGCTGGTAGACCCGCTGGATGCTACTAAACAGTTAATTAAAccaa > 1:180948/1‑146 (MQ=255) acCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTACTGGCTGGTAGACCCGCTGGATGGTACTAAAGAGTTTATTAAACGTaa > 1:2700/1‑149 (MQ=255) gTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTATGAAGAAGATACTCCCGGTAGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTGACTGGCTGGTAGACCCGCTGGATGGTACTAAAGAGTTTATTAAACGTAATgg > 1:689514/1‑149 (MQ=255) tCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTACTGGCTGGTAGACCCGCTGGATGGTACTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGaa < 1:198219/149‑1 (MQ=255) aTGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTACTGGCTGGTAGACCCGCTGGATGGTACTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAAtt > 1:20848/1‑149 (MQ=255) ggTTTACGTACGCTGACACCGGAGGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTACTGGCTGGTAGACCCGCTGGATGGTACTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGt < 1:562068/149‑1 (MQ=255) tttACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTACTGGCTGGTAGACCCGCTGGATGGTACTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTa < 1:221653/149‑1 (MQ=255) gtacgCTGAGACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGATGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCTTTACTGGCTGGTAGACCCGCTGGATGGTACTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGGGAATTCACCGTTAACAtt < 2:36327/149‑1 (MQ=255) gtacgCTAACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTACTGGCTGGTAGACCCGCTGGATGGTACTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACAtt < 1:998737/149‑1 (MQ=255) gtacgCTAACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTACTGGCTGGTAGACCCGCTGGATGGTACTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACAtt < 1:786201/149‑1 (MQ=255) tacgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTACTGGCTGGTAGACCCGCTGGATGGTACTAAAGAGTTTATTAAACGTATTGGCGAAGTCACCGTTAACATTg > 1:489536/1‑149 (MQ=255) | CAGCTTGCACGGAATGCAGGCGATGCCATTATGCAGGTCTACGACGGGACGAAACCGATGGACGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTACTGGCTGGTAGACCCGCTGGATGGTACTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTG > NC_000913/4436773‑4437061 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |