| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | insB1–insA | insB1, insA | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1978503 | 1979278 | 776 | 70 [0] | [0] 70 | insB1–insA | insB1,insA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 65 (0.900) | 52/280 | 0.4 | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB1 | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/IS1 transposase B |
| ? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein | |||||
ATGTCCGGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATA > NC_000913/1979135‑1979426 | atgggtctttacaattatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactagtcactaaactcaaatacaactgatgggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATaa < 1:227304‑M2/5‑1 (MQ=255) gtctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactagtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttctataatgcgtgatgcagatcacgcaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCa > 2:1044395‑M2/141‑149 (MQ=255) ctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacactcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacccaaaacactcaagtacttaacataaatgTATAAGTCATa > 1:89579‑M2/139‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |