| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,186,578 | A→G | 65.8% | D410G (GAT→GGT) | rpoC → | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,186,578 | 0 | A | G | 65.8% | 280.3 / 223.5 | 225 | D410G (GAT→GGT) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/40); new base G (77/71); total (114/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
GCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACG > NC_000913/4186432‑4186724 | gCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGgtat > 1:891407/1‑150 (MQ=255) aTCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACg > 1:2701614/1‑150 (MQ=255) tCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGGTATCCTGGACGa < 1:947160/150‑1 (MQ=255) 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tGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAATTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGGTATCCTGGACGAAGTTATCcgcg > 1:43947/1‑150 (MQ=255) tGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGGTATCCTGGACGAAGTTATCcgcg < 1:848461/150‑1 (MQ=255) tGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCcgcg < 1:2406763/150‑1 (MQ=255) tGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCcgcg > 2:567513/1‑150 (MQ=255) ccGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGGTATCCTGGACGAAGTTATCCGCGaa > 1:317650/1‑150 (MQ=255) 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agaaAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACAcc < 2:2908415/150‑1 (MQ=255) gaaAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGGTATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACAccc < 2:205544/150‑1 (MQ=255) aaaaTGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCg > 1:3054668/1‑150 (MQ=255) aaaTGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGGTATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCgg < 1:2249421/150‑1 (MQ=255) aaaTGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGGTATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCgg < 2:329935/150‑1 (MQ=255) 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cTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGGTATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCCGTACAGCTGAACCGTGCACCCACGCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAg > 1:1108238/1‑150 (MQ=255) gCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATAAACTGGACGAAGTTATACGCGAACACCCCGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCt > 1:1400060/1‑150 (MQ=255) cGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGGTATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTa > 2:2597671/1‑150 (MQ=255) gaaAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGGTATCCTGGACGAAGTTATACGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATACAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTaaaca > 1:1721367/1‑146 (MQ=255) aaaaTGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAg < 2:68488/150‑1 (MQ=255) aaaaTGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAg < 1:2616319/150‑1 (MQ=255) aaaTGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGc < 1:257444/150‑1 (MQ=255) aaTGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTTTGGTATCCTTGAAGAAGTTATAACCGAAAAAACCGTAATGCTGAACCCTGCACCGACACGGCACCCTCTTGGTATACACGCAATTGAAACCGTACTGATAGAAGGTAAATCTaaaaagca > 1:3061229/1‑143 (MQ=255) aaTGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGGTATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCt < 2:396140/150‑1 (MQ=255) ggTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGGTATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAgcagca > 2:1547089/1‑150 (MQ=255) ggTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGGTATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCa > 2:271068/1‑150 (MQ=255) gTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGGTATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCCGTACAGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATACAGGCAATTGAACCGGTACTGATAGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCAc > 1:175899/1‑150 (MQ=255) gTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGGTATCCAGGACGAAGTTATACGCGAACACCCCGTACTGCATAAACCTGCACCGACACATCAACCTCAGGGTATACAGGCATTTGAAACGGTACAGATAGAAGGTAAAGCTATACAGcatcac > 1:3076768/1‑145 (MQ=255) cgcgAAGAAGCTGTCGTTTGGGGGATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTg < 2:1424267/150‑1 (MQ=255) agCTGTCGTTTGGGGTATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGc < 1:1870546/150‑1 (MQ=255) agCTGTCGTTTGGGGTATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGc < 1:1805778/150‑1 (MQ=255) agCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGc < 2:1761383/150‑1 (MQ=255) cTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCgg < 2:3063725/150‑1 (MQ=255) tGTCGTTTGGGGTATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGc < 2:2394075/150‑1 (MQ=255) tttGGGGTATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCAtata > 1:2687700/1‑150 (MQ=255) ttGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATaa > 1:368811/1‑150 (MQ=255) gggATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACg > 2:2128037/1‑150 (MQ=255) | GCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACG > NC_000913/4186432‑4186724 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |