| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,287,161 | G→A | 5.9% | noncoding (76/171 nt) Q6* (CAA→TAA) |
rttR ← tpr ← |
rtT sRNA, processed from tyrT transcript protamine‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,287,161 | 0 | G | A | 5.9% | 267.3 / 4.2 | 100 | noncoding (76/171 nt) Q6* (CAA→TAA) | rttR tpr | rtT sRNA, processed from tyrT transcript protamine‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/40); new base A (2/3); total (52/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGG > NC_000913/1287013‑1287310 | gCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTgg < 1:1335094/150‑1 (MQ=255) aaTATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGa < 2:2623403/150‑1 (MQ=255) cGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTTCCTGCGGCAACGCTCTCACGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATcc > 2:416793/1‑150 (MQ=255) gCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCAACCTTCCCCg > 2:784537/1‑150 (MQ=255) gCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCAACCTTCCCCg > 2:784388/1‑150 (MQ=255) cTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGATCTCTCGCTGTCGCTCGAATCGAACCTTACTCGAAGGTTCTCAACCATCCCCGc > 2:2486753/1‑150 (MQ=11) gagTTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 1:1035674/150‑1 (MQ=21) gaattCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 1:488080/147‑1 (MQ=0) cAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCACGCTGGCGCACGAGTCGAACCATGGTAGAAGCTTCACATACTTCCCCGCAGGGGCAGaa > 2:957392/1‑150 (MQ=14) cAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCATCGCCCTTCGGGTCGATGCCAGCGGCAACGCTCTCTCGCTGCCGCACGACGCGAACCGTCCTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCCCCTGGGCACaa > 2:2750151/1‑150 (MQ=11) aGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCACTCAAGCTGGCCCACGAGTCGAACCTTGGTAGAAGCATCAAAAACATACCCCCAAGGGCAGaaa > 1:1928127/1‑149 (MQ=14) aGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCGGCGGCAACGCTCTCTCGCAGGCGCGCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTAAAACATACCCGCCTGGGccggaa > 2:95133/1‑145 (MQ=14) gACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCGCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCAACCTTCCCCGCAAGGGCCGAAA‑Att > 2:2402363/1‑150 (MQ=11) 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gggggAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCGCTCACGCAGGCGCGCGAGTCGAACCGTGGTCGAAGCATCTCAAACTTACCCCCAAGGGCAGAAT‑AATTAATTGCGGATTCGTTGGGAAg > 2:892273/1‑150 (MQ=14) aGGATGACGCAGCGCGGCGCGCTTCGCCCGGCGGGTCGGTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCGGGCGCTCGAGTCGAACCTGGGTCGAAGCTTCTCATCCGTCCCCGCCTGGGCAGAAT‑ATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAgg < 2:8986/150‑1 (MQ=14) aTTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCCGGGGCCGGAT‑ATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGAc > 2:2683753/1‑150 (MQ=255) aTTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCGTCACATCCATCCCCCCATGGGCAGACTAATTTAATT‑CGGATTAGTTGGGAAGTTCAGGGAc > 2:2683713/1‑150 (MQ=14) cTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACtttt < 1:1991381/150‑1 (MQ=255) 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cTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACa < 1:983023/150‑1 (MQ=255) tCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 2:93546/45‑1 (MQ=255) tCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAg > 2:689203/1‑150 (MQ=255) tCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAg > 2:2588437/1‑150 (MQ=255) tCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTAAAg > 1:49873/1‑150 (MQ=255) tCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCAATGACGGCAGATTTACAg > 1:156715/1‑150 (MQ=255) tCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTAATTGCGGATTCGTTGGTAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGa < 1:187661/133‑1 (MQ=255) tCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTAATTGCGGATTCGATGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGa > 2:187661/1‑133 (MQ=255) gTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTg > 2:1706052/1‑150 (MQ=255) gTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTg < 1:2683753/150‑1 (MQ=255) gTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTg < 1:2683713/150‑1 (MQ=255) gTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTg < 1:1354457/150‑1 (MQ=255) gAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTc < 1:2660879/118‑1 (MQ=255) gAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTc > 2:2660879/1‑118 (MQ=255) gAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTc > 2:1208465/1‑150 (MQ=255) gAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTc > 2:179771/1‑150 (MQ=255) cTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCtt > 2:680144/1‑150 (MQ=255) cTTGGTCGAAGCTTCACATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGAATACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCta > 1:32799/1‑149 (MQ=255) ttGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGTAT‑ATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCttt < 2:2721509/150‑1 (MQ=255) ttGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCttt < 1:351206/150‑1 (MQ=255) ggTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTgg < 1:2430836/150‑1 (MQ=255) | GCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAT‑ATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGG > NC_000913/1287013‑1287310 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |