| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,891,504 | T→A | 6.8% | intergenic (+21/‑111) | tnaB → / → mdtL | tryptophan transporter of low affinity/multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,891,504 | 0 | T | A | 6.8% | 568.2 / 21.4 | 170 | intergenic (+21/‑111) | tnaB/mdtL | tryptophan transporter of low affinity/multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (81/76); new base A (10/2); total (92/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.84e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
TTTCCCAATCAGATGTTCACGGTCTGGGGCGGCAATCTTATTCCGGCGATTGTCATTCTCTTTGGTATAACCGTGATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTA > NC_000913/3891358‑3891653 | tttCCCAATCAGATGTTCACGGTCTGGGGCGGCAATCTTATTCCGGCGATTGTCATTCTCTTTGGTATAACCGTGATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCg > 1:1422448/1‑150 (MQ=255)tttCCCAATCAGATGTTCACGGTCTGGGGCGGCAATCTTATTCCGGCGATTGTCATTCTCTTTGGTATAACCGTGATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCg > 2:2831867/1‑150 (MQ=255) ttCCCAATCAGATGTTCACGGTCTGGGGCGGCAATCTTATTCCGGCGATTGTCATTCTCTTTGGTATAACCGTGATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGc < 2:1510154/150‑1 (MQ=255) 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ttCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGGCCTGGTTTTa > 1:2881295/1‑150 (MQ=255) ttCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTa < 2:2746856/150‑1 (MQ=255) | TTTCCCAATCAGATGTTCACGGTCTGGGGCGGCAATCTTATTCCGGCGATTGTCATTCTCTTTGGTATAACCGTGATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTA > NC_000913/3891358‑3891653 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |