| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,297,107:1 | +C | 100% | coding (538/624 nt) | ccmA ← | heme export ABC transporter ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,297,107 | 1 | . | C | 91.5% | 1814.7 / 170.5 | 519 | coding (538/624 nt) | ccmA | heme export ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (23/21); new base C (257/218); total (280/239) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | |||||||||||
Only 100 of 566 total aligned reads displayed.
GGCGATTTCGGCGCTATGGCGAAACGCTACACGCAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAAT‑CCCCCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTAACGTCAATCGCGGTAAAAGGCTCGTCGAGGATCCATAACGTGGCACGGGTCAGCCACAGACGCGCTAAAGCGACGCGGCGTTGTTGCCCGGCC > NC_000913/2296959‑2297255 | ggCGATTTCGGCGCTATGGCGAAACGCTACACGCAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAAT‑c < 1:1741722/150‑1 (MQ=255) gCGATTTCGGCGCTATGGCGAAACGCTACACGCAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAAT‑cc > 1:10227031/1‑150 (MQ=255) cGATTTCGGCGCTATGGCGAAACGCTACACGCAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAAT‑ccc < 2:9355303/150‑1 (MQ=255) cGATTTCGGCGCTATGGCGAAACGCTACACGCAGCTCAAGACGG‑AAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTTCTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAAT‑cccc < 1:11444111/150‑1 (MQ=255) gATTTCGGCGCTATGGCGAAACGCTACACGCAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGACTCACAAT‑cccc > 1:10957918/1‑150 (MQ=255) tttCGGCGCTATGGCGAAACGCTACACGCAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAAT‑cccccc < 2:2111273/150‑1 (MQ=255) ggCGCTATGGCGAAACGCTACACGCAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCTCAAT‑cccccccctg > 1:11928991/1‑147 (MQ=255) ggCGCTATGGCGAAACGCTACACGCAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAAT‑cccccccctg > 2:1258277/1‑147 (MQ=255) 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gCAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAATCCCCCCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCt < 2:2834939/150‑1 (MQ=255) gCAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAAT‑CCCCCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTg > 2:3360545/1‑150 (MQ=255) cAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAATCCCCCCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTg < 1:11619609/150‑1 (MQ=255) cAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAATCCCCCCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTg < 1:11815580/150‑1 (MQ=255) aGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAATCCCCCCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTgg < 2:4033246/150‑1 (MQ=255) 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ttCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAATCCCCCCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTAACGTCAATCGCGGTAAAAGGCTCGTCGAGGATCCATAACGTGGCACGGGTCa < 2:11607909/150‑1 (MQ=255) ttCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAATCCCCCCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTAACGTCAATCGCGGTAAAAGGCTCGTCGAGGATCCATAACGTGGCACGGGTCa < 1:9917088/150‑1 (MQ=255) cAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAATCCCCCCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACTATCGACACCGTTAACGTCAATCGCTGTAAAAGGCTCGTCGAGGATCCATAACGTGGCACGGGTCAGc < 1:1364626/150‑1 (MQ=255) cAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAATCCCCCCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTAACGTCAATCGCGGTAAAAGGCTCGTCGAGGATCCATAACGTGGCACGGGTCAGc < 2:6648660/150‑1 (MQ=255) aGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAAT‑CCCCCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTAACGTCAATCGCGGTAAAAGGCTCGTCGAGGATCCATAACGTGGCACGGGTCAGCca > 2:4393645/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |