New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 4443452 = | 666 (0.920) | 7 (0.010) | 3/262 | NT | 1.1% | coding (1071/1734 nt) | tamA | translocation and assembly module for autotransporter export, outer membrane subunit |
? | NC_000913 | 4443491 = | 618 (0.900) | coding (1110/1734 nt) | tamA | translocation and assembly module for autotransporter export, outer membrane subunit | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
TTGCGAGTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTGGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/4443608‑4443452 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgctggagTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCGACTCGCAACGCTACTCTATCGACTACTCCAACACGGCCT > NC_000913/4443491‑4443639 TTGCGAGTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTCATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCC > 2:893524/1‑150 TTGCGAGTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCC > 1:9676737/1‑150 TTGCGAGTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCC > 2:893519/1‑150 TTGCGAGTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCC > 1:3544056/1‑150 TTGCGAGTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCC > 2:2556777/1‑150 TTGCGAGTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCC < 2:5616871/150‑1 TTGCGAGTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCC > 2:2557330/1‑150 TTGCGAGTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCC > 2:4671433/1‑150 TTGCGAGTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCC < 1:8392957/150‑1 CGAGTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGTGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCT > 2:2942235/1‑150 CGAGTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCT < 1:12091477/150‑1 GAGTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCCCCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTG < 2:2931189/150‑1 GAGTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTG < 2:4293105/150‑1 GAGTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTG < 1:7640187/150‑1 GAGTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTG < 2:31098/150‑1 GAGTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTG < 2:5496969/150‑1 GAGTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTG < 2:6202908/150‑1 GAGTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTG < 1:1434391/150‑1 GTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTGGA < 2:3915194/150‑1 GTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTGGA < 2:1503454/150‑1 GTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTGGA > 2:4294081/1‑150 GTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTGGA > 2:6169592/1‑150 GTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTGGA < 2:1503473/150‑1 GTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTGGA > 1:3745718/1‑150 GTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTGGA < 1:8401195/150‑1 GTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTGGA < 1:8400951/150‑1 TCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTGGAG < 1:5038998/150‑1 TCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTGGAG < 2:3665852/150‑1 TCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTGGAG < 1:6860585/150‑1 TCGCCCCAGGTGGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTGGAG < 2:7541969/150‑1 GACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTGGAGTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGC > 1:5521620/1‑150 ACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTGGAGTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCG > 1:5038895/1‑150 TCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTGGAGTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCGAC > 1:9776821/1‑150 TCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTGGAGTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCGAC > 1:6138655/1‑150 TCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTGGAGTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCGAC > 1:6138794/1‑150 TCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTGGAGTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCGAC > 1:9518954/1‑150 TCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTGGAGTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCGAC > 1:9518701/1‑150 CGCTGGAGTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCGACTCGCAACGCTACTCTATCGACTACTCCAAC < 2:10204272/150‑1 GCTGGAGTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCGACTCGCAACGCTACTCTATCGACTACTCCAACA < 2:9437698/150‑1 GCTGGAGTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCGACTCGCAACGCTACTCTATCGACTACTCCAACA < 1:9251086/150‑1 TGGAGTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCGACTCGCAACGCTACTCTCTCGACTACTCCAACACG > 2:6405199/1‑150 TGGAGTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCGACTCGCAACGCTACTCTATCGACTACTCCAACACG > 2:5499455/1‑150 TGGAGTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCGACTCGCAACGCTACTCTATCGACTACTCCAACACG > 1:1504017/1‑150 GGAGTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCGACTCGCAACGCTACTCTATCGACTACTCCAACACGG < 1:3231932/150‑1 GGAGTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCGACTCGCAACGCTACTCTATCGACTACTCCAACACGG < 1:1761216/150‑1 GAGTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCGACTCGCAACGCTACTCTATCGACTACTCCAACACGGC < 2:16639/150‑1 GAGTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCGACTCGCAACGCTACTCTATCGACTACTCCAACACGGC < 2:10834629/150‑1 GAGTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCGACTCGCAACGCTACTCTATCGACTACTCCAACACGGC < 2:3718237/150‑1 GAGTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCGACTCGCAACGCTACTCTATCGACTACTCCAACACGGC < 2:3707846/150‑1 GAGTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCGACTCGCAACGCTACTCTATCGACTACTCCAACACGGC > 1:8911666/1‑150 AGTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCGACTCGCAACGCTACTCTATCGACTACTCCAACACGGCC < 1:9354885/150‑1 GTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCTCGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCGACTCGCAACGCTACTCTATCGACTACTCCAACACGGCCT < 1:4302162/150‑1 GTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCGACTCGCAACGCTACTCTATCGACTACTCCAACACGGCCT < 2:6553817/150‑1 GTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCGACTCGCAACGCTACTCTATCGACTACTCCAACACGGCCT < 2:6554259/150‑1 GTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCGACTCGCAACGCTACTCTATCGACTACTCCAACACGGCCT < 2:8003692/150‑1 TTGCGAGTCGCCCCAGGTTGGCATCAGGCCACCACGAGAACGCGTGCGGCTAATCATCACCCCAGGATAAAACAGCATCGTGGTATTGGTAATTTCACCCTGAGTAAAGTGGTCGAGACTCCAGCGCAGGTTAATGGCACGCTGCCAGCCGCTGGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/4443608‑4443452 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgctggagTCTCGACCACTTTACTCAGGGTGAAATTACCAATACCACGATGCTGTTTTATCCTGGGGTGATGATTAGCCGCACGCGTTCTCGTGGTGGCCTGATGCCAACCTGGGGCGACTCGCAACGCTACTCTATCGACTACTCCAACACGGCCT > NC_000913/4443491‑4443639 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |