| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,406,129 | T→C | 100% | intergenic (+144/‑61) | purA → / → nsrR | adenylosuccinate synthetase/nitric oxide‑sensitive repressor for NO regulon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,406,129 | 0 | T | C | 100.0% | 3204.6 / ‑6.7 | 830 | intergenic (+144/‑61) | purA/nsrR | adenylosuccinate synthetase/nitric oxide‑sensitive repressor for NO regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (396/430); minor base A (1/2); total (397/433) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 830 total aligned reads displayed.
GTAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTGAGGTTGATGTGCAGTTAACGAGTTTCACTGATTACGGATTACGTGCGCTGATCTACATGGCGTCATTGCCAGAAGGGCGGATGACCAGTATTTC > NC_000913/4405982‑4406275 | aagtCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCtgtg < 2:9499684/147‑1 (MQ=255) aaTGCTGGTACGCCTGGCATATATTTTGCCTGCCGGGCGAACTGTGTGATACATTGCTTTGTCGGGTAAGCCATTCCGATATCCGACACTTTGTTAAACCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTTAAATAAATTAGCGACACAGCCtgtg < 1:11380885/150‑1 (MQ=255) tttCTGGTACGCCTGGCATATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACTGTTTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTTAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTgg < 1:10030024/149‑1 (MQ=255) aTTCTGGTACGCCTGGCATATATTTTGCCTGCCGGGCGAACATTGTGATACTTTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTgg < 1:2261086/150‑1 (MQ=255) aTTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTgg > 2:3880954/1‑150 (MQ=255) tGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTgg < 2:11027430/150‑1 (MQ=255) ggTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCGGGGCGAACTTTGTGATACATTGCTGTGTCGGTTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTGGt < 1:6549168/150‑1 (MQ=255) ggTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTGGt < 2:2677882/150‑1 (MQ=255) ggTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTGGt > 2:7638082/1‑150 (MQ=255) gTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTGGtt < 2:11635977/150‑1 (MQ=255) aCGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTGGTTTa > 2:3553733/1‑150 (MQ=255) gCCTGGCTTTTATTTTGCCTGCCGGTCGAAATGTGTTATACATTGCTGTTTGGTGTATGCCATTACGATATCCGACTCATTGTTAAATCCACGCTTTTTTCCTTCCCCTAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTGGTTTatc < 1:4144656/150‑1 (MQ=255) gCCTGGCTGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACTTTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTGGTTTatc < 1:6102858/150‑1 (MQ=255) 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tatTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTGGTTTATCATCAATATaa > 2:4593465/1‑150 (MQ=255) gcctgccGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTAt < 1:2987879/150‑1 (MQ=255) tgccGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAATTCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTGGTTTATCTTCAATATAAATGTAtttt > 1:1638993/1‑150 (MQ=255) ccGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTAtttttt > 1:2867068/1‑150 (MQ=255) cGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGa > 1:4383912/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |